[BBC] Soutenance publique de la thèse de Sylvain Brohée

[Jacques van Helden]

Soutenance publique de la thèse de Sylvain Brohée

Etude bioinformatique du réseau d'interactions
entre protéines de transport chez les Fungi

Directeurs de thèse: Jaques van Helden & Bruno André

	Lundi 10 novembre 2008 à 16:30
	ULB Campus Plaine, Salle Solvay
	Bâtiment N/O, niveau 5
	Boulevard du Triomphe, Accès 2, 1050 Bruxelles
	Plan d'accès: http://www.ulb.ac.be/docs/campus/pla_NO.html

Résumé de la thèse

Les protéines associées aux membranes sont d'une importance cruciale  
pour la cellule. Cependant, en raison d'une plus grande difficulté de  
manipulation, les données biochimiques les concernant sont très  
lacunaires, notamment au point de vue de la formation de complexes  
entre ces protéines.

L'objectif global de notre travail consiste à combler ces lacunes et à  
préciser les interactions entre protéines membranaires chez la levure  
Saccharomyces cerevisiae et plus précisément, entre les  
transporteurs . Nous avons commencé notre travail par l'étude d'un jeu  
de données d'interactions  à grande échelle entre toutes les perméases  
détectées par un méthode de double hybride spécialisée pour les  
protéines membranaires. La qualité des données a été estimée en  
étudiant le comportement global des données et des témoins négatifs et  
positifs. Les données ont ensuite été standardisées et filtrées de  
façon à ne conserver que les plus significatives. Ces interactions ont  
été étudiées en les modélisant dans un réseau d'interactions que nous  
avons étudié par des techniques issues de la théorie des graphes.  
Après une évaluation systématique de différentes méthodes, nous avons  
notamment recherché au sein du réseau des groupes de protéines  
densément interconnectées et de fonctions similaires (clustering sur  
graphe) qui correspondraient éventuellement à des complexes  
protéiques. Les résultats révélés par l'étude du réseau expérimental  
se sont révélés assez décevant. En effet, même si nous avons pu  
retrouver certaines interactions déjà décrites, un bon nombre des  
interactions filtrées semblait n'avoir aucune réalité biologique et  
nous n'avons pu retrouver que très peu de modules hautement connectés  
de fonction homogène.

L'approche expérimentale n'ayant eu que peu de succès, nous l'avons  
contournée en utilisant des méthodes de génomique comparative  
d'inférence d'interactions fonctionnelles. Dans un premier temps,  
malgré une évaluation rigoureuse, l'étude des profils phylogénétiques  
(la prédiction d'interactions fonctionnelles en étudiant la corélation  
des profils de présence – absence des gènes dans un ensemble de  
génomes), n'a eu que des résultats mitigés  car les perméases semblent  
très peu conservées dès lors que l'on considère d'autres organismes  
que les Fungi. Par la suite, nous avons ensuite développé une nouvelle  
méthode qui construit un réseau de co-régulation génétique sur base de  
la similarité des empreintes phylogénétiques découvertes dans tous les  
gènes de levure. Cette méthode, qui n'utilise que les séquences  
génomiques pour l'inférence du réseau, a donné de très bons résultats,  
validés in silico et expérimentalement et son application à l'ensemble  
des perméases a permis de retrouver plusieurs régulations bien  
connues, d'en inférer de nouvelles et de proposer de nouvelles pistes  
de recherche.

En parallèle à ce travail, nous avons développé et rendu accessible  
NeAT (http://rsat.bigre.ulb.ac.be/neat/) un ensemble d'outils  
informatiques consacrés à l'analyse de réseaux biologiques.




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