<div dir="ltr"><div><b><font size="4">BioSB RNA-seq data analysis course</font></b><br></div><div><div><br></div><div>Date:             9-13 May 2022</div><div>Location:       Breda, The Netherlands</div><div>Organizers:   BioSB research school, Erasmus Medical Center and Avans Hogeschool</div><div>Website:        <a href="https://www.dtls.nl/courses/rna-seq-data-analysis-2022/">https://www.dtls.nl/courses/rna-seq-data-analysis-2022/</a> --> <b><i>registration is open!</i></b></div><div><br></div><b>Course coordinators</b><br>Andrew Stubbs, Erasmus MC<br>Miaomiao Zhou, Avans University of Applied Sciences<br><br><b>Course credits</b><br>1.5 ECTS<br><br><b>Course overview</b><br>This course covers the basic concepts and methods required for RNA-seq analysis. Particular attention is given to the data analysis pipelines for differential transcript expression and variant calling. Presentations are followed by hands-on computer sessions using Linux command line tools, Galaxy and R to directly apply and get more insight in the analysis methods. One afternoon is dedicated to the analysis of a new data set, allowing the students to refresh and extend their analysis skills. Students can also bring their own RNA-seq data for practicing. We will also explore the potential of long-read based RNA-seq in a Friday afternoon literature club. After the course, the presentations, practicals and test data will remain available for future reference. Software packages used are freeware.<br><br><b>Target audience</b><br>Participants for the RNA-seq course should preferably have participated in a general next-generation sequencing (NGS) course or otherwise have some hands-on experience with NGS data analysis. The course is aimed at PhD students and post-docs, but scientific programmers and data analysts with a background in biology and bioinformatics may also attend.<br><br><b>Learning outcomes</b><br>After having followed this course:<br><ul><li>The participant has insight into the issues involved in good experimental design of RNA-seq experiments.</li><li>The participant knows and can perform analysis steps in reference-based and de novo RNA-seq data analysis, and visually present and judge the results for:</li></ul><ul><ul><li>quality control and preprocessing,</li><li>finding differentially expressed genes,</li><li>variant calling,</li><li>cluster analysis,</li><li>classification analysis,</li><li>pathway testing.</li></ul></ul><ul><li>The participant has insight in various RNA-seq platforms, their specificity in solving certain biological questions, and the bottlenecks in these applications.</li><li>The participant has insight into the different algorithms and options available to perform an analysis, and can make an informed choice.</li><li>The participant knows the pitfalls of existing analyses and is able to critically judge the statistical analysis of RNA-seq data performed by others.</li></ul></div><div>Read more and register now via: <a href="https://www.dtls.nl/courses/rna-seq-data-analysis-2022/">https://www.dtls.nl/courses/rna-seq-data-analysis-2022/</a></div><div><br></div><div>BioSB research school</div><div><a href="http://www.dtls.nl/biosb">www.dtls.nl/biosb</a></div><div><a href="mailto:education@biosb.nl">education@biosb.nl</a></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px;word-wrap:break-word"><font face="Arial Unicode MS" color="#484848"><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-repeat:initial"><span style="font-size:12pt;font-family:"Arial Unicode MS",serif;color:rgb(72,72,72)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-repeat:initial"><span style="color:black"><a href="https://www.dtls.nl/biosb/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><span style="font-size:12pt;font-family:"Arial Unicode MS",serif;color:rgb(72,72,72)"><img border="0" width="132" height="119" src="cid:image010.png@01D7E5DF.85415CC0" alt="signature_1684185780" style="width:1.375in;height:1.2395in"></span></a></span><span style="font-size:12pt;font-family:"Arial Unicode MS",serif;color:rgb(72,72,72)"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-repeat:initial"><br></p><p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-repeat:initial"><br></p><p class="MsoNormal" style="background-image:initial;background-position:initial;background-repeat:initial"><br style="font-size:small"></p></div></font></div></div></div></div></div></div>