
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<head>

<title></title>

</head>

<body>

<div name="messageBodySection">

<div dir="auto"><span style="font-size: 13px">Special issue of Theoretical Computer Science (track C) on Foundational Methods in Systems Biology</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">Submission: continuous, cut-off date May 15, 2023</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">=================================================================</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">Dear Colleague,</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">With this email we would like to invite you to submit a paper to the special issue of the Theoretical Computer Science journal (series C: Natural Computing) on “Foundations of Systems Biology”. This special issue is aligned with the conference series on “Computational Methods in Systems Biology (CMSB)” and shares its topics of interests. We look for original research articles on foundational aspects of systems biology and their applications. Topics of interest include, but are not limited to:</span></div>

<ul>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">formalisms for modelling biological processes;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">methods and tools for biological system analysis, modelling and simulation;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">frameworks for model verification, validation, analysis, and simulation of biological systems;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">high-performance methods for computational systems biology;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">identification of biological systems;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">network modelling, analysis, inference;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">automated parameter and model synthesis;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">multi-scale modelling and analysis methods;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">design, analysis, and verification methods for synthetic biology;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">methods for biomolecular computing and engineered molecular devices;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">data-based approaches for systems and synthetic biology;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">optimality and control of biological systems;</span></li>

<li style="font-size: 13px"><span style="font-size: 13px">machine learning for systems biology.</span></li>

</ul>

<div dir="auto"><span style="font-size: 13px">Submitted papers should not be under consideration for publication elsewhere. Extended versions of manuscripts that have been published in conference proceedings (CMSB or other conferences) can be submitted to this special issue if they have been extended by at least 30% and the differences between the two versions are explained in the introduction. The manuscripts should include all content in the article, rather than in appendices or in supplementary information.</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">Please prepare your article in LaTeX in the Elsevier journal paper format (</span><a style="font-size: 13px" href="https://www.elsevier.com/authors/author-schemas/latex-instructions" target="_blank">https://www.elsevier.com/authors/author-schemas/latex-instructions</a><span style="font-size: 13px">) and submit it using the editorial manager (</span><a style="font-size: 13px" href="https://www.editorialmanager.com/TCS/default.aspx" target="_blank">https://www.editorialmanager.com/TCS/default.aspx</a><span style="font-size: 13px">). The tile of the special issue is “Foundations of Systems Biology” (short title </span><strong style="font-size: 13px">VSI: FoundSysBio</strong><span style="font-size: 13px">). In order to properly assign your submission to the special issue we are preparing, it is crucial to select </span><strong style="font-size: 13px">VSI: FoundSysBio</strong><span style="font-size: 13px"> twice, as Article Type (starting the submission procedure) and Requested Editor (in Review Preferences).</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">All papers for the special issue will be reviewed following the standard refereeing procedure for Theoretical Computer Science. Submissions will be reviewed on a continuous basis, with a cut-off date set for May 15, 2023. We suggest an upper limit of </span><strong style="font-size: 13px">40 pages</strong><span style="font-size: 13px"> on the length of the paper in the LaTeX style of the journal; please contact us if you need more pages for your manuscript.</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">To keep track of the papers, please inform us of after the submission with an email to </span><a style="font-size: 13px" href="https://mailto:ion.petre@utu.fi" target="_blank">ion.petre@utu.fi</a><span style="font-size: 13px"> and </span><a style="font-size: 13px" href="https://mailto:apaun@fmi.unibuc.ro" target="_blank">apaun@fmi.unibuc.ro</a><span style="font-size: 13px">.</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">With best wishes,</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">Ion Petre and Andrei Paun</span><span style="font-size: 13px"><br /></span><span style="font-size: 13px">Guest editors of the special issue of TCS/C on Foundations of Systems Biology</span></div>

</div>

</body>

</html>