<div dir="ltr"><div><font face="verdana, sans-serif">Dear,<br></font></div><div><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 8pt;line-height:13.91px"><font face="verdana, sans-serif"><span style="background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial">Can you please forward and share the email below with your e-mail list ? It is about a new <span class="gmail-il">Postdoc</span> project in DSI-UHasselt. Please CC me on the email.</span></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 8pt;line-height:13.91px"><span style="font-family:verdana,sans-serif">Thanks in advance and best regards, ziv shkedy</span></p></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><p class="MsoNormal" align="center" style="margin:0cm;text-align:center;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:16pt">The data science institute in Hasselt University announces a position for a (m/f/x):<br></span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><br></span><b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt"><span class="gmail-il">Postdoc</span> researcher in Bioinformatics/Biostatistics</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt"> (18-24 months): </span></b><b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt">High Dimensional Integrated Unsupervised and Supervised Analysis of Single Cell RNASeq Data</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"></span></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px"> </span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt;line-height:21.4667px">General information about the project </span></b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt;line-height:21.4667px"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">The <span class="gmail-il">postdoc</span> research project will be conducted in a close collaboration between the </span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">data science institute (DSI, <a href="https://www.uhasselt.be/en/instituten-en/dsi" target="_blank">https://www.uhasselt.be/en/instituten-en/dsi</a>) in Hasselt University and a global pharmaceutical company. </span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">The main objective of the <span class="gmail-il">postdoc</span> research project is to analyze single cell omics data for immune profiling purposes applied to vaccinology. The project is focused on algorithm/procedures/software testing and development using publicly and in house available dataset with application on real vaccine development . Both parts will be based on single cell omics data generated on <u>Chromium 10X Genomics platform</u>. Data analysis tools and software products that will be developed in this project would be available as R or Python packages with full documentation.</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"> </span></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt">Project  description</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt"><br><br></span><span lang="EN-US" style="font-size:14pt"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">The research project consists of two main tasks:</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">Task 1 - Unsupervised analysis:</span></b></p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 0cm 36pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">1)<span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-variant-alternates:normal;font-kerning:auto;font-feature-settings:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"">      </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">To identify the best numerical embedding methods for TCR/BCR protein sequences in order to merge this feature with other OMICs layers.</span></p><p style="text-align:justify;margin:0cm 0cm 10pt 36pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">2)<span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-variant-alternates:normal;font-kerning:auto;font-feature-settings:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"">      </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">To identify methods for single omics and multi-omics clustering (gene expression, individual TCR sequences, surface proteins) that can better approximate antigen-specificity.</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">Task 2 - Supervised analysis:</span></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">Based on the results obtained in part 1, we will define which of the identified features may be predictive of antigen specificity and cross-reactivity.</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;text-align:justify;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">Data analysis methods</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;line-height:18.4px">: cluster analysis for single cell RNAseq data (for both single and multi-omics setting) , biclustering, classification and prediction.</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:14pt">Profile and diploma</span></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">As a <span class="gmail-il">postdoc</span> researcher you will join the dynamic functional genomics team in the data science institute (DSI) in UHasselt and will collaborate with scientists from both academia and industry. </span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">The research work related to both tasks will be conducted in a close collaboration between DSI and the pharmaceutical company and the <span class="gmail-il">postdoc</span> researcher will work in both organizations.</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"> A successful candidate should have</span><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"></span></p><ul type="disc" style="margin-bottom:0cm"><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">PhD in bioinformatics/ statistical bioinformatics/biostatistics (with experience of high dimensional data).</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">A PhD whose research  focuses on single cell analysis is an advantage but not a must.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">A PhD whose research is on AI/ML methodologies for unsupervised and supervised HD data analysis is a plus.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You are acquainted with statistical methodologies and had exposure to computer programming in R/Python.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You published manuscripts in the area of bioinformatics/biostatistics.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You developed software package(s) as a part of your PhD research.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You are interested in developing new methodology from both theoretical and applied aspects.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You are interested in developing software to the pipeline for  data analysis and implement this software within a company environment.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You are willing to closely collaborate with biologists/biostatistians/bioinformations from the pharmaceutical industry.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You have a strong interest in working on both vaccine and drug development problems.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You can work independently and within a team.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You have excellent communication skills.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You can lead a team of researchers within a project.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You enjoy working in a multidisciplinary and multicultural environment.</span></li><li class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">You speak and write English fluently.</span></li></ul><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">Offer</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"><br>The appointment takes effect from January 2024 and at the latest from March/April 2024 for a period of 18-24 months, depending on the candidate experience.<br><br><b>Further information</b></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">Prof. dr. Ziv Shkedy, +32 11-26 82 40, <font color="#0000ff">ziv.shkedy</font></span><a href="mailto:christel.faes@uhasselt.be" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;text-decoration-line:none"><font color="#0000ff">@uhasselt.be</font></span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">Application<br></span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">Applicants must send their application to  <font color="#0000ff">ziv.shkedy</font></span><a href="mailto:christel.faes@uhasselt.be" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt;text-decoration-line:none"><font color="#0000ff">@uhasselt.be</font></span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">Please add a copy of your PhD diploma and CV (including publication list)  to your application.</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12pt"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 10pt;line-height:16.8667px;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="EN-US" style="font-size:12pt">Deadline for the Application 30, March, 2024</span></p></div></div>