Dear all, The Clinical Genetics department at the VUmc Amsterdam is looking for a Senior Bioinformatician: https://www.werkenbijvumc.nl/vacatures/senior-bioinformaticus/ The following job description is in Dutch. If you would like to know more please contact Daoud Sie (e: d.sie@vumc.nl<mailto:d.sie@vumc.nl> or +31 (0)20 444 30 92). ---- Senior Bioinformaticus Ben jij de bioinformaticus die ons onderzoeksteam verder vorm gaat geven? * 36 uur * Salarisindicatie: 3527 tot 4842 euro * Vast contract, bepaalde tijd Werkomgeving Het laboratorium voor genoomdiagnostiek van de afdeling klinische genetica is ontstaan uit een fusie van het laboratorium voor chromosoomdiagnostiek en het laboratorium voor DNA- en eiwit diagnostiek. Onze hoofdtaak bestaat uit genetisch onderzoek naar erfelijke ziektes zoals bindweefselziektes, verstandelijke beperking en erfelijke vormen van kanker. Binnen het laboratorium wordt het hele genetische spectrum van chromosomale aberraties tot aan single nucleotide-mutaties geanalyseerd. De resultaten van deze analyses worden gebruikt voor erfelijkheidsadvies en advies aan medisch specialisten over de behandeling en follow-up van patiënten. Naast de implementatie van Next Generation Sequencing (NGS) technieken zoals targeted en whole exome sequencing (WES) zijn we bezig met het valideren en implementeren van whole genome sequencing (WGS) waarbij zowel snv, indels als CNV analyse op whole genome data uitgevoerd wordt. Daarnaast zijn we bezig met de implementatie van een landelijk project waarbij NIPT (niet invasieve prenatale test) grootschalig ingevoerd wordt. De hierboven genoemde werkzaamheden gaan gepaard met de afhandeling en analyse van grote hoeveelheden data. Werkzaamheden De geschikte kandidaat zal een centrale positie innemen in de bioinformatica groep van onze sectie en leiding geven aan 3 FTE bioinformatici. Daarnaast zal er intensief samengewerkt worden met andere (research)secties en klinische afdelingen. De werkzaamheden bestaan uit het ontwikkelen en beheer van de huidige data-analyse pipelines en het verder opzetten van infrastructuur. Hieronder vallen: * Ontwikkelen, valideren en implementeren van nieuwe bioinformatische tools in de diagnostiek; * Faciliteren van diagnostiek productie (o.a. runnen van pipelines, troubleshooten); * De organisatie van data flow en opslag * Het samenwerken met en ondersteunen van clinici en onderzoekers * Hulp bij onderhoud van de servers en databases. * Optimaliseren van de diagnostische workflow (o.a. door te automatiseren); * Onderhouden van contacten binnen de kaders van nationale projecten (bijv. implementatie NIPT en WGS) * Jouw profiel We zoeken een zelfstandige en gemotiveerde Bioinformaticus/Software Engineer met interesse in moleculaire biologie, voorkennis van genetica is wenselijk. * Afgeronde WO opleiding of gepromoveerd in de (bio)informatica met bij voorkeur relevante werkervaring; * Ervaring met het ontwikkelen/runnen/onderhouden van een (geautomatiseerde) pipeline; * Kennis van en ervaring met Python en bash in een Linux omgeving; * Ervaring met het werken met HPC is een pré; * Goede communicatieve vaardigheden. * Management ervaring Daarnaast ben je analytisch sterk, inventief in het vinden van passende oplossingen, stressbestendig en neem je initiatief. Wij bieden Salarisschaal 11: 3527 tot 4842 euro bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring). Naast een uitstekend basissalaris bieden we onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Klik hier voor meer informatie over onze arbeidsvoorwaarden<http://www.werkenbijvumc.nl/arbeidsvoorwaarden/>. Het is voor nieuw aangestelde medewerkers verplicht om bij indiensttreding een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag) aan te vragen. Je dient hiervoor in het bezit te zijn van een DigiD. Bijzonderheden Wij bieden een contract voor 12 maanden, met een mogelijkheid tot verlenging. Interesse? Wil je meer informatie over de functie dan kun je contact opnemen met mw. J. Weiss via 0204448355 of met R.van Latum via 0204444435. Je kunt uiterlijk tot en met 4 januari 2017 solliciteren via de button. Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld. Vriendelijke groet, ir. Daphne van Beek Bioinformaticus Klinische Genetica E: d.vanbeek@vumc.nl<mailto:d.vanbeek@vumc.nl> Bioinformatici E: bioinf-klingen@vumc.nl<mailto:bioinf-klingen@vumc.nl> T: +31 (0)20 444 30 92 [http://www.vumc.nl/corporate/5489865/8393215/VUmc_E_logo+payoff.jpg] Bezoekadres: Van der Boechorststraat 7 (MF J-391), 1081 BT Amsterdam Postadres: Secretariaat laboratorium voor Genoomdiagnostiek, Polikliniek, PK-0X-011, VUmc Afdeling Klinische Genetica, Postbus 7057, 1007 MB Amsterdam www.vumc.nl<blocked::www.vumc.nl> www.vumc.nl/socialemedia<http://www.vumc.nl/socialemedia> www.vumc.nl/steun-ons<http://www.vumc.nl/steun-ons> --------------------------------------------------- Disclaimer Deze e-mail is vertrouwelijk en alleen bestemd voor de geadresseerde. Als deze e-mail niet voor u bestemd is, wordt u verzocht dit aan de afzender te melden, het bericht niet verder te verspreiden en direct te vernietigen. VU medisch centrum staat niet in voor de juiste en volledige overbrenging van de inhoud van deze e-mail. ---------------------------------------------------
