Séminaire CIP, vendredi 11 janvier,
10H30, local 1.75 (B6c)
BioBIKE, un environnement bioinformatique
intégré et accessible par le Web pour l’analyse comparative de
génomes
Arnaud Taton, Jonny Casey, JP Massar,
Bogdan Mihai, John Myers, Nihar Sheth, Mark Slupesky, Mike Travers, Peter
Seibel, Jeff Shrager & Jeff Elhai
Center for the Study of Biological Complexity, Virginia Commonwealth
University, Richmond, VA
Ces dernières années, les biologistes ont été confrontés à une quantité
trop importante de données. Cette masse de données génomiques,
protéomiques et autres données expérimentales est précieuse, mais la
convertir en connaissance requiert une intervention humaine. Ce processus
peut être facilité mais non automatisé. BioBIKE (Biological Integrated
Knowledge Environment) est un outil pour rassembler les données
intéressant les biologistes et analyser ces données de manière nouvelle
et créative.
BioBIKE comprend une base de données pour un groupe homogène d’organismes
(ex. bactéries photosynthétiques, virus) et un environnement de
programmation. Il connaît les concepts communs de biologie moléculaire
(e.g. “traduction” et “orthologues”), il offre une interface commune pour
plusieurs outils bioinformatiques (ex. RNAz, MEME et PHYLIP) et peut
combiner l’analyse de génomes avec des données de microarrays, les
domaines Pfam, les cycles métaboliques et d’autres informations
disponibles à partir de diverses ressources (ex. KEGG et GenBank).
Accessible via le Web et inclus dans une interface graphique, BioBIKE a
la flexibilité et le potentiel d’un langage de programmation (ex. pour
effectuer des tâches répétitives et créer de nouveaux outils) mais permet
aux biologistes sans expérience en programmation de programmer
l’ordinateur pour réaliser des analyses suggérées par le problème.
Plusieurs instances BioBIKE sont publiquement opérationnelles pour les
Streptococci, les virus, les bactéries photosynthétiques. Les
cyanobactéries feront l’objet de ce séminaire.
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CIP (
http://www.
cip.ulg.ac.be/)
Institute of Chemistry
Sart Tilman B6
University of Liège
B-4000 Liège, Belgium
Tel: 32 4 366 38 56 / 33 87
Fax: 32 4 366 33 64
!!!!Visit the website of Micromat, MIDI-CHIP,
LAQUAN, B-BLOOMS, AMBIO:
www
.nerc-bas.ac.uk/public/mlsd/micromat/ ,
http://www.cip.ulg.ac.be/midichip/
www.LAQUAN.UGent.be,
www.bblooms.ulg.ac.be,
www.ambio.ulg.ac.be
Eager to eat cyanobacteria in space?
look at
http://ecls.esa.int/ecls/?p=melissa
Belgian polar research cluster BE-POLES :
http://www.belspo.be/belspo/BePoles/index_en.stm
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