September 2008 - beg-sysbiol@psb.ugent.be

[Beg-sysbiol] leuven
by Eric Bonnet 05 Sep '08

05 Sep '08

hi there, I have a flexware meeting in leuven this morning, so see you guys this afternoon or on monday... Eric

1 0

[Beg-sysbiol] Bespreken jullie dat eens en doen jullie een voorstel?
by Yves Van De Peer 03 Sep '08

03 Sep '08

Alvast bedankt Yves PS Tom, is er nu iets uit die data van Chris Town gekomen? Groetjes. Yves (onderweg naar DublinY -----Original Message----- From: Anja Lambrechts <Anja.Lambrechts(a)Ugent.be> To: Yves Van De Peer Sent: Wed Sep 03 17:14:46 2008 Subject: RE: Beste Yves Bedankt voor het snelle antwoord Voor ons past dinsdag namiddag, woensdag voormiddag, donderdag gans de dag of vrijdag voormiddag. Laat ons maar weten wanneer het voor jullie het beste past Anja ******************************* Dr.Anja Lambrechts Dept. Medical Protein Research, VIB Dept. Biochemistry, Fac. Medicine and Health sciences Ghent University A. Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent Belgium Tel : +32-9-264.9332 Fax : +32-9-264.9488 anja.lambrechts(a)Ugent.be -----Original Message----- From: Yves Van de Peer [mailto:yves.vandepeer@psb.ugent.be] Sent: woensdag 3 september 2008 16:55 To: Anja Lambrechts Subject: Re: Anja Lambrechts wrote: > Beste Yves > > mijn naam is Anja Lambrechts en ik ben postdoc in het labo van Prof > Vandekerckhove en Prof Christophe Ampe. > Een tijd geleden vertelde Prof Vandekerckhove mij over jouw resultaten > ivm microRNA onderzoek gekoppeld aan de opregulatie van enkele smooth > muscle cell specifieke genen in bepaalde cellen. Wij bestuderen > fibroblasten afgeleid van een beta-actine knock-out embryo. > Wanneer we eiwit en mRNA expressie vergelijken met normale > fibroblasten dan zien we een enorme opregulatie van smooth muscle cell > specifieke genen. We hebben echter geen idee over de mogelijke > regulatorische mechanismen die hierachter steken. Na het lezen van het > artikel van Davis et al. dat in juli verscheen in Nature (TGFb en > microRNA signalisatie), leek het ons interessant toch eens na te gaan > of de regulatie op microRNA niveau gebeurt. > Aangezien wij leken zijn op dit vlak, zouden we het op prijs stellen > indien we eens met jou hierover konden praten. Zou het voor jou ergens > passen in de loop van volgende week of de week erna? > > Met vriendelijke groeten > Anja Beste Anja, Ja, ik moest al lang eens contact opnemen met jullie, maar door mijn drukke agenda is dat er nog niet van gekomen, waarvoor mijn excuses. Ik vertrek seffens naar Dublin, maar vanaf volgende week dinsdag zou ik wat meer tijd hebben. Kan jij volgende week dinsdag, woensdag, donderdag of vrijdag, dan check ik eens bij mijn postdocs die in die zaken veel kundiger zijn dan ikzelf :-) Tot volgende week ergens, Yves -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/

1 0

[Beg-sysbiol] volgende week ??? eric, do you understand this mail?
by Yves Van de Peer 03 Sep '08

03 Sep '08

-------- Original Message -------- Date: Wed, 3 Sep 2008 16:52:43 +0200 From: Anja Lambrechts <Anja.Lambrechts(a)Ugent.be> To: <Yves.VandePeer(a)UGent.be> CC: Joël Vandekerckhove <joel.vandekerckhove(a)ugent.be>, "christophe" <christophe.ampe(a)Ugent.be> Beste Yves mijn naam is Anja Lambrechts en ik ben postdoc in het labo van Prof Vandekerckhove en Prof Christophe Ampe. Een tijd geleden vertelde Prof Vandekerckhove mij over jouw resultaten ivm microRNA onderzoek gekoppeld aan de opregulatie van enkele smooth muscle cell specifieke genen in bepaalde cellen. Wij bestuderen fibroblasten afgeleid van een beta-actine knock-out embryo. Wanneer we eiwit en mRNA expressie vergelijken met normale fibroblasten dan zien we een enorme opregulatie van smooth muscle cell specifieke genen. We hebben echter geen idee over de mogelijke regulatorische mechanismen die hierachter steken. Na het lezen van het artikel van Davis et al. dat in juli verscheen in Nature (TGFb en microRNA signalisatie), leek het ons interessant toch eens na te gaan of de regulatie op microRNA niveau gebeurt. Aangezien wij leken zijn op dit vlak, zouden we het op prijs stellen indien we eens met jou hierover konden praten. Zou het voor jou ergens passen in de loop van volgende week of de week erna? Met vriendelijke groeten Anja ******************************* Dr.Anja Lambrechts Dept. Medical Protein Research, VIB Dept. Biochemistry, Fac. Medicine and Health sciences Ghent University A. Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent Belgium Tel : +32-9-264.9332 Fax : +32-9-264.9488 anja.lambrechts(a)Ugent.be <mailto:anja.lambrechts@Ugent.be> Beste Yves, Ik wens je hierbij nog eens te feliciteren voor de exciting presentatie tijdens het laatste VIB directiecommittee. Ik heb nog even onze proteomics resultaten van beta-actin KO muis fibroblasten bekeken en vond de volgende zeer sterk opgereguleerde eiwitten: - Alfa smooth muscle actin - Transgelin SM 22 - Calponin 1 - Myosin regulatory light chain Deze eiwitten gaan alle van nul in normale fibroblasten tot zeer hoge expressie in beta KO fibroblasten. Als ik mij niet vergis waren minstens drie ervan ook in uw preferentiële lijst aanwezig. Het zijn alle ook smooth-muscle specific isovormen van actine en actine-bindende eiwitten. De mensen die het werk hebben uitgevoerd ( Anja Lambrechts en Christoph Ampe) beschikken nog over een groot pak bijkomende proteomics en microarray data van de beide cellijnen en deze data hadden ze graag aan uw mensen even getoond. Is het nog mogelijk om een slot vrij te maken bij jullie om even samen te zitten? Met de beste groeten, Joël. Prof. Dr. Joël Vandekerckhove Department of Biochemistry, Ghent University (UGent) Department of Medical Protein Research, Flanders Institute for Biotechnology (VIB) Albert Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent - Belgium Tel: +32 (0)9 264 93 17 (secr.) - 93 03 (direct) Fax: +32(0)9 264 94 90 -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/

2 1