- beg-sysbiol@psb.ugent.be - maillist.psb.ugent.be

[Beg-sysbiol] [Fwd: Re: Systems Biology for PNS disease?]
by Nathalie Pochet 15 Sep '08

15 Sep '08

Meeting at 2PM in Bio-IT for the ones who want to join. Kind regards, Nathalie

1 0

[Beg-sysbiol] [Fwd: Re: meeting]
by Eric Bonnet 08 Sep '08

08 Sep '08

for people interested, the meeting will take place in the BUD meeting room. Eric

1 0

[Beg-sysbiol] meeting
by Eric Bonnet 08 Sep '08

08 Sep '08

Dear Anja, I'm Eric, a post-doc in Yves Van de peer's lab, mainly working on microRNA's. Yves asked me to set up a meeting with you, so what about next wednesday at 10h in our lab? would that be ok for you? Best regards, Eric

1 0

[Beg-sysbiol] did we suggest a date yet to meet these people? Eric, maybe you can suggest a date? Thanks, Yves
by Yves Van de Peer 07 Sep '08

07 Sep '08

-------- Original Message -------- Subject: RE: Date: Wed, 3 Sep 2008 17:14:46 +0200 From: Anja Lambrechts <Anja.Lambrechts(a)Ugent.be> To: 'Yves Van de Peer' <yves.vandepeer(a)psb.ugent.be> Beste Yves Bedankt voor het snelle antwoord Voor ons past dinsdag namiddag, woensdag voormiddag, donderdag gans de dag of vrijdag voormiddag. Laat ons maar weten wanneer het voor jullie het beste past Anja ******************************* Dr.Anja Lambrechts Dept. Medical Protein Research, VIB Dept. Biochemistry, Fac. Medicine and Health sciences Ghent University A. Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent Belgium Tel : +32-9-264.9332 Fax : +32-9-264.9488 anja.lambrechts(a)Ugent.be -----Original Message----- From: Yves Van de Peer [mailto:yves.vandepeer@psb.ugent.be] Sent: woensdag 3 september 2008 16:55 To: Anja Lambrechts Subject: Re: Anja Lambrechts wrote: > Beste Yves > > mijn naam is Anja Lambrechts en ik ben postdoc in het labo van Prof > Vandekerckhove en Prof Christophe Ampe. > Een tijd geleden vertelde Prof Vandekerckhove mij over jouw resultaten > ivm microRNA onderzoek gekoppeld aan de opregulatie van enkele smooth > muscle cell specifieke genen in bepaalde cellen. Wij bestuderen > fibroblasten afgeleid van een beta-actine knock-out embryo. > Wanneer we eiwit en mRNA expressie vergelijken met normale > fibroblasten dan zien we een enorme opregulatie van smooth muscle cell > specifieke genen. We hebben echter geen idee over de mogelijke > regulatorische mechanismen die hierachter steken. Na het lezen van het > artikel van Davis et al. dat in juli verscheen in Nature (TGFb en > microRNA signalisatie), leek het ons interessant toch eens na te gaan > of de regulatie op microRNA niveau gebeurt. > Aangezien wij leken zijn op dit vlak, zouden we het op prijs stellen > indien we eens met jou hierover konden praten. Zou het voor jou ergens > passen in de loop van volgende week of de week erna? > > Met vriendelijke groeten > Anja Beste Anja, Ja, ik moest al lang eens contact opnemen met jullie, maar door mijn drukke agenda is dat er nog niet van gekomen, waarvoor mijn excuses. Ik vertrek seffens naar Dublin, maar vanaf volgende week dinsdag zou ik wat meer tijd hebben. Kan jij volgende week dinsdag, woensdag, donderdag of vrijdag, dan check ik eens bij mijn postdocs die in die zaken veel kundiger zijn dan ikzelf :-) Tot volgende week ergens, Yves -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/ -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/

1 0

[Beg-sysbiol] leuven
by Eric Bonnet 05 Sep '08

05 Sep '08

hi there, I have a flexware meeting in leuven this morning, so see you guys this afternoon or on monday... Eric

1 0

[Beg-sysbiol] Bespreken jullie dat eens en doen jullie een voorstel?
by Yves Van De Peer 03 Sep '08

03 Sep '08

Alvast bedankt Yves PS Tom, is er nu iets uit die data van Chris Town gekomen? Groetjes. Yves (onderweg naar DublinY -----Original Message----- From: Anja Lambrechts <Anja.Lambrechts(a)Ugent.be> To: Yves Van De Peer Sent: Wed Sep 03 17:14:46 2008 Subject: RE: Beste Yves Bedankt voor het snelle antwoord Voor ons past dinsdag namiddag, woensdag voormiddag, donderdag gans de dag of vrijdag voormiddag. Laat ons maar weten wanneer het voor jullie het beste past Anja ******************************* Dr.Anja Lambrechts Dept. Medical Protein Research, VIB Dept. Biochemistry, Fac. Medicine and Health sciences Ghent University A. Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent Belgium Tel : +32-9-264.9332 Fax : +32-9-264.9488 anja.lambrechts(a)Ugent.be -----Original Message----- From: Yves Van de Peer [mailto:yves.vandepeer@psb.ugent.be] Sent: woensdag 3 september 2008 16:55 To: Anja Lambrechts Subject: Re: Anja Lambrechts wrote: > Beste Yves > > mijn naam is Anja Lambrechts en ik ben postdoc in het labo van Prof > Vandekerckhove en Prof Christophe Ampe. > Een tijd geleden vertelde Prof Vandekerckhove mij over jouw resultaten > ivm microRNA onderzoek gekoppeld aan de opregulatie van enkele smooth > muscle cell specifieke genen in bepaalde cellen. Wij bestuderen > fibroblasten afgeleid van een beta-actine knock-out embryo. > Wanneer we eiwit en mRNA expressie vergelijken met normale > fibroblasten dan zien we een enorme opregulatie van smooth muscle cell > specifieke genen. We hebben echter geen idee over de mogelijke > regulatorische mechanismen die hierachter steken. Na het lezen van het > artikel van Davis et al. dat in juli verscheen in Nature (TGFb en > microRNA signalisatie), leek het ons interessant toch eens na te gaan > of de regulatie op microRNA niveau gebeurt. > Aangezien wij leken zijn op dit vlak, zouden we het op prijs stellen > indien we eens met jou hierover konden praten. Zou het voor jou ergens > passen in de loop van volgende week of de week erna? > > Met vriendelijke groeten > Anja Beste Anja, Ja, ik moest al lang eens contact opnemen met jullie, maar door mijn drukke agenda is dat er nog niet van gekomen, waarvoor mijn excuses. Ik vertrek seffens naar Dublin, maar vanaf volgende week dinsdag zou ik wat meer tijd hebben. Kan jij volgende week dinsdag, woensdag, donderdag of vrijdag, dan check ik eens bij mijn postdocs die in die zaken veel kundiger zijn dan ikzelf :-) Tot volgende week ergens, Yves -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/

1 0

[Beg-sysbiol] volgende week ??? eric, do you understand this mail?
by Yves Van de Peer 03 Sep '08

03 Sep '08

-------- Original Message -------- Date: Wed, 3 Sep 2008 16:52:43 +0200 From: Anja Lambrechts <Anja.Lambrechts(a)Ugent.be> To: <Yves.VandePeer(a)UGent.be> CC: Joël Vandekerckhove <joel.vandekerckhove(a)ugent.be>, "christophe" <christophe.ampe(a)Ugent.be> Beste Yves mijn naam is Anja Lambrechts en ik ben postdoc in het labo van Prof Vandekerckhove en Prof Christophe Ampe. Een tijd geleden vertelde Prof Vandekerckhove mij over jouw resultaten ivm microRNA onderzoek gekoppeld aan de opregulatie van enkele smooth muscle cell specifieke genen in bepaalde cellen. Wij bestuderen fibroblasten afgeleid van een beta-actine knock-out embryo. Wanneer we eiwit en mRNA expressie vergelijken met normale fibroblasten dan zien we een enorme opregulatie van smooth muscle cell specifieke genen. We hebben echter geen idee over de mogelijke regulatorische mechanismen die hierachter steken. Na het lezen van het artikel van Davis et al. dat in juli verscheen in Nature (TGFb en microRNA signalisatie), leek het ons interessant toch eens na te gaan of de regulatie op microRNA niveau gebeurt. Aangezien wij leken zijn op dit vlak, zouden we het op prijs stellen indien we eens met jou hierover konden praten. Zou het voor jou ergens passen in de loop van volgende week of de week erna? Met vriendelijke groeten Anja ******************************* Dr.Anja Lambrechts Dept. Medical Protein Research, VIB Dept. Biochemistry, Fac. Medicine and Health sciences Ghent University A. Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent Belgium Tel : +32-9-264.9332 Fax : +32-9-264.9488 anja.lambrechts(a)Ugent.be <mailto:anja.lambrechts@Ugent.be> Beste Yves, Ik wens je hierbij nog eens te feliciteren voor de exciting presentatie tijdens het laatste VIB directiecommittee. Ik heb nog even onze proteomics resultaten van beta-actin KO muis fibroblasten bekeken en vond de volgende zeer sterk opgereguleerde eiwitten: - Alfa smooth muscle actin - Transgelin SM 22 - Calponin 1 - Myosin regulatory light chain Deze eiwitten gaan alle van nul in normale fibroblasten tot zeer hoge expressie in beta KO fibroblasten. Als ik mij niet vergis waren minstens drie ervan ook in uw preferentiële lijst aanwezig. Het zijn alle ook smooth-muscle specific isovormen van actine en actine-bindende eiwitten. De mensen die het werk hebben uitgevoerd ( Anja Lambrechts en Christoph Ampe) beschikken nog over een groot pak bijkomende proteomics en microarray data van de beide cellijnen en deze data hadden ze graag aan uw mensen even getoond. Is het nog mogelijk om een slot vrij te maken bij jullie om even samen te zitten? Met de beste groeten, Joël. Prof. Dr. Joël Vandekerckhove Department of Biochemistry, Ghent University (UGent) Department of Medical Protein Research, Flanders Institute for Biotechnology (VIB) Albert Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent - Belgium Tel: +32 (0)9 264 93 17 (secr.) - 93 03 (direct) Fax: +32(0)9 264 94 90 -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/

2 1

[Beg-sysbiol] Systems biology: Reverse engineering the cell. [Nature. 2008] - PubMed Result
by Yves Van de Peer 31 Aug '08

31 Aug '08

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18756243?dopt=Abstract -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/

1 0

[Beg-sysbiol] [Fwd: Machine Learning in Systems Biology - 13-14 Sept, Brussels, Belgium]
by Yves Van de Peer 29 Aug '08

29 Aug '08

Maybe Eric, Tome and Nathalie could attend and present something? Yves -------- Original Message -------- Subject: Machine Learning in Systems Biology - 13-14 Sept, Brussels, Belgium Date: Fri, 29 Aug 2008 13:14:01 +0200 (CEST) From: Yvan Saeys <yvan.saeys(a)psb.ugent.be> Reply-To: yvan.saeys(a)psb.ugent.be To: beg(a)psb.ugent.be Dear colleagues, The MLSB workshop in Brussels this year will also be an occasion to present ourselves withing the Bioframe project, but so far only a few people have registered for the event. It would be good if we could motivate some more people, as the invited talks are of very high quality, and not only restricted to machine learning. best regards, yvan [apologies for multiple postings] ********************** First Call for Participation********************* 2nd International Workshop on Machine Learning in Systems Biology 13-14 September 2008, Brussels, Belgium ************************************************************************ http://www.montefiore.ulg.ac.be/services/stochastic/mlsb08 MOTIVATION Molecular biology and also all the biomedical sciences are undergoing a true revolution as a result of the emergence and growing impact of a series of new disciplines/tools sharing the "-omics" suffix in theirname. These include in particular genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics devoted respectively to the examination of the entire systems of genes, transcripts, proteins and metabolites present in a given cell or tissue type. The availability of these new, highly effective tools for biological exploration is dramatically changing the way one performs research in at least two respects. First of all, the amount of available experimental data is not at all a limiting factor any more; on the contrary, there is a plethora of it. The challenge has shifted towards identifying the relevant pieces of information given the question, and how to make sense out of it (a "data mining" issue). Secondly, rather than to focus on components in isolation, we can now try to understand how biological systems behave as the result of the integration and interaction between the individual components that one can now monitor simultaneously (so called "systems biology"). Taking advantage of this wealth of "genomic" information has become a conditio sine qua non for whoever ambitions to remain competitive in molecular biology and more generally in biomedical sciences. Machine learning naturally appears as one of the main drivers of progress in this context, where most of the targets of interest deal with complex structured objects: sequences, 2D and 3D structures or interaction networks. At the same time bioinformatics and systems biology have already induced significant new developments of general interest in machine learning, for example in the context of learning with structured data, graph inference, semi-supervised learning, system identification, and novel combinations of optimization and learning algorithms. OBJECTIVE The aim of this workshop is to contribute to the cross-fertilization between the research in machine learning methods and their applications to complex biological and medical questions by bringing together method developers and experimentalists. We encourage submissions bringing forward methods for discovering complex structures (e.g. interaction networks, molecule structures) and methods supporting genome-wide data analysis. A non-exhaustive list of topics suitable for this workshop: Methods Machine Learning Algorithms Bayesian Methods Data integration/fusion Feature/subspace selection Clustering Biclustering/association rules Kernel Methods Probabilistic Inference Structured output prediction Systems identification Graph inference, completion, smoothing Semi-supervised learning Applications Sequence Annotation Gene Expression and post-transcriptional regulation Inference of gene regulation networks Gene Prediction and whole genome association studies Metabolic pathway modeling Signaling networks Systems biology approaches to biomarker identification Rational drug design methods Metabolic Reconstruction Protein Structure Prediction Protein Function Prediction Protein-protein interaction networks SUBMISSIONS OF EXTENDED ABSTRACTS We invite to submit an extended abstract of maximum 8 pages. Each extended abstract must be submitted by June 15 2008 electronically via the Easychair submission system: http://www.easychair.org/conferences/?conf=mlsb08 Formatting instructions can be found on the workshop website http://www.montefiore.ulg.ac.be/services/stochastic/mlsb08 The extended abstracts will be reviewed by the scientific programme committee. The papers will be selected for oral or poster presentation according to their originality and relevance to the workshop topics. Electronic versions of the extended abstracts will be accessible to the participants prior to the conference and will be made publicly available on the conference web site after the conference. It is also planned to publish these papers in a special volume of a bioinformatics journal. SUBMISSION OF POSTER PRESENTATIONS We invite you also to apply for poster presentations on topics of relevance to the workshop. Each poster presentation should be described in a 1 page summary and be submitted by August 20, 2008 via the Easychair submission system: http://www.easychair.org/conferences/?conf=mlsb08 Poster summaries must follow the same formatting instructions as the extended abstract, but should not exceed one page. IMPORTANT DATES - 15 June: deadline for submissions of extended abstracts - 15 July: notification of acceptance to authors - 25 August: camera-ready versions of extended abstracts - 20 August: deadline for submissions of poster presentations - 25 August: notification of acceptance to authors - 13-14 September: workshop LOCATION The workshop will take in place Brussels at the Palais des AcadÃ©mies of AcadÃ©mie royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique. MLSB08 CHAIRS Louis Wehenkel and Pierre Geurts, GIGA-Research, University of LiÃ¨ge, Belgium Florence dâAlchÃ©-Buc, IBISC CNRS FRE 2873, University of Evry-Val dâEssonne, France Yves Moreau, ESAT, Katholieke Universiteit Leuven, Belgium SCIENTIFIC PROGRAMME COMMITTEE Florence dâAlchÃ©-Buc (University of Evry, France) Christophe Ambroise (University of Evry, France) Pierre Geurts (University of LiÃ¨ge, Belgium) Mark Girolami (University of Glasgow, UK) Samuel Kaski (University of Helsinki, Finland) Kathleen Marchal (Katholieke Universiteit Leuven, Belgium) Elena Marchiori (Vrije Universiteit Amsterdam, The Netherlands) Yves Moreau (Katholieke Universiteit Leuven, Belgium) Gunnar RÃ¤tsch (FML, Max Planck Society, TÃ¼bingen) Juho Rousu (University of Helsinki, Finland) CÃ©line Rouveirol (University of Paris XIII, France) Yvan Saeys (University of Gent, Belgium) Rodolphe Sepulchre (University of LiÃ¨ge, Belgium) Koji Tsuda (Max Planck Institute, Tuebingen) Jacques Van Helden (UniversitÃ© Libre de Bruxelles, Belgium) Kristel Van Steen (University of LiÃ¨ge, Belgium) Jean-Philippe Vert (Ecole des Mines, France) Louis Wehenkel (University of LiÃ¨ge, Belgium) David Wild (University of Warwick, UK) Jean-Daniel Zucker (University of Paris XIII, France) -- ================================================================== Dr. Yvan Saeys, PhD DEPARTMENT OF PLANT SYSTEMS BIOLOGY Fax:32 (0)9 331 38 09 BIOINFORMATICS TEAM Tel:32 (0)9 331 36 95 GHENT UNIVERSITY, Technologiepark 927, B-9052 Gent, Belgium Vlaams Instituut voor Biotechnologie VIB mailto:yvan.saeys@ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/ http://www.psb.ugent.be/~yvsae/ ================================================================== -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/

1 0

[Beg-sysbiol] @home
by Eric Bonnet 28 Aug '08

28 Aug '08

hi there, working at home today, see you guys tomorrow! Eric

1 0