Email from Tim who is also working on Segal-like stuff, could be very helpful for our current problem of overlapping modules. I put his code as well as the two papers mentioned in a directory "timvdb" in the java directory of the segal project. Tom -------- Original Message -------- Subject: status implementatie van segal paper Date: Wed, 05 Apr 2006 16:42:08 +0200 From: Tim Van den Bulcke <Tim.VandenBulcke@esat.kuleuven.be> To: tom.michoel@psb.ugent.be Hey Tom, lang geleden dat ik nog van mij laten horen heb, maar ik wou je even een update geven van de implementatie van de Battle paper over overlappende modules (paper in attach). De situatie is als volgt: de grote lijnen van het algoritme zijn geimplementeerd, maar er zit nog (minstens) 1 grote bug in een deel van het EM algoritme, namelijk in de assignatie van activiteiten-niveau's. Verder heb ik een aantal vereenvoudigingen in het model die gaandeweg kunnen uitgebreid worden, zoals de veronderstelling dat de leaf nodes Gaussiaans verdeeld zijn in plaats van linear Gaussians en een andere prior die ik voorlopig uniform veronderstel. Mijn algemene indruk was dat heel wat zaken nogal summier in de paper vermeld zijn en het niet altijd even duidelijk is hoe het concreet werkt. Verder zou mijn thesisstudent tegen juni de andere paper (Segal, zie attach) geimplementeerd moeten hebben. Die paper is eigenlijk de voorloper van de Battle-paper, met een eenvoudiger model zonder regulatorisch programma. Ik ben nu even met andere dingen bezig rond het gebruik van synthetische data voor inferentie algoritmes (we gebruiken onze Syntren-generator daarvoor), dus voorlopig staat Segal even op 'hold'. Als het je interesseert: de source code staat op: http://homes.esat.kuleuven.be/~vdbulcke/tmp/cellproc.zip, paswoord is dp@#tree. De belangrijkse klasse is EMAlgorithm.java in package esat.bioi.prm.model.copr en het ding maakt voorlopig ook gebruik van matlab voor het bounded least squares algoritme. Mocht je tijd en interesse hebben: ik zou met jou wel eens over enkele afleidingen willen gaan die ik gedaan heb in de verschillende stappen. Het is mogelijk dat ik ergens een fout heb gemaakt, maar ik zie het voorlopig niet. Ik hoop dat jullie nu weer iets meer op de hoogte zijn van mijn activiteiten rond PRMs! Hebben jullie nog nieuws rond de module-netwerk implementatie? Groeten, Tim. -- _______________________________________________________ ir. Tim Van den Bulcke research assistant ESAT-SCD K.U. Leuven Kasteelpark Arenberg 10 B-3001 Leuven-Heverlee Belgium room: 03.11/14 tel: +32 16 32.86.43 fax: +32 16 32.19.70 email: tim.vandenbulcke@esat.kuleuven.be homepage: http://homes.esat.kuleuven.be/~vdbulcke/ personal homepage: http://timvandenbulcke.objectis.net _______________________________________________________ -- Tom Michoel <http://www.psb.ugent.be/~tomic/>