-------- Original Message -------- Date: Wed, 3 Sep 2008 16:52:43 +0200 From: Anja Lambrechts <Anja.Lambrechts@Ugent.be> To: <Yves.VandePeer@UGent.be> CC: Joël Vandekerckhove <joel.vandekerckhove@ugent.be>, "christophe" <christophe.ampe@Ugent.be> Beste Yves mijn naam is Anja Lambrechts en ik ben postdoc in het labo van Prof Vandekerckhove en Prof Christophe Ampe. Een tijd geleden vertelde Prof Vandekerckhove mij over jouw resultaten ivm microRNA onderzoek gekoppeld aan de opregulatie van enkele smooth muscle cell specifieke genen in bepaalde cellen. Wij bestuderen fibroblasten afgeleid van een beta-actine knock-out embryo. Wanneer we eiwit en mRNA expressie vergelijken met normale fibroblasten dan zien we een enorme opregulatie van smooth muscle cell specifieke genen. We hebben echter geen idee over de mogelijke regulatorische mechanismen die hierachter steken. Na het lezen van het artikel van Davis et al. dat in juli verscheen in Nature (TGFb en microRNA signalisatie), leek het ons interessant toch eens na te gaan of de regulatie op microRNA niveau gebeurt. Aangezien wij leken zijn op dit vlak, zouden we het op prijs stellen indien we eens met jou hierover konden praten. Zou het voor jou ergens passen in de loop van volgende week of de week erna? Met vriendelijke groeten Anja ******************************* Dr.Anja Lambrechts Dept. Medical Protein Research, VIB Dept. Biochemistry, Fac. Medicine and Health sciences Ghent University A. Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent Belgium Tel : +32-9-264.9332 Fax : +32-9-264.9488 anja.lambrechts@Ugent.be <mailto:anja.lambrechts@Ugent.be> Beste Yves, Ik wens je hierbij nog eens te feliciteren voor de exciting presentatie tijdens het laatste VIB directiecommittee. Ik heb nog even onze proteomics resultaten van beta-actin KO muis fibroblasten bekeken en vond de volgende zeer sterk opgereguleerde eiwitten: - Alfa smooth muscle actin - Transgelin SM 22 - Calponin 1 - Myosin regulatory light chain Deze eiwitten gaan alle van nul in normale fibroblasten tot zeer hoge expressie in beta KO fibroblasten. Als ik mij niet vergis waren minstens drie ervan ook in uw preferentiële lijst aanwezig. Het zijn alle ook smooth-muscle specific isovormen van actine en actine-bindende eiwitten. De mensen die het werk hebben uitgevoerd ( Anja Lambrechts en Christoph Ampe) beschikken nog over een groot pak bijkomende proteomics en microarray data van de beide cellijnen en deze data hadden ze graag aan uw mensen even getoond. Is het nog mogelijk om een slot vrij te maken bij jullie om even samen te zitten? Met de beste groeten, Joël. Prof. Dr. Joël Vandekerckhove Department of Biochemistry, Ghent University (UGent) Department of Medical Protein Research, Flanders Institute for Biotechnology (VIB) Albert Baertsoenkaai 3 B-9000 Gent - Belgium Tel: +32 (0)9 264 93 17 (secr.) - 93 03 (direct) Fax: +32(0)9 264 94 90 -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer@psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/