-------- Original Message -------- Subject: MaskerAID Date: Sun, 15 Jun 2008 19:55:38 +0000 From: jmh.neefs@pandora.be <jmh.neefs@telenet.be> To: yves.vandepeer@psb.ugent.be Professor, Zoals afgesproken de informatie over MaskerAid. MaskerAid: a 30-fold* speed enhancement to RepeatMasker http://blast.wustl.edu/maskeraid/ RepeatMasker gebruikt Smith-Waterman algoritme om gebieden van maximale locale similariteit te vinden. Zeer goed, maar erg traag bij genomen en databases van repeats. Daarom werkt RepeatMasker beduidend sneller als je de genoom sequenties in stukken van ~10 000 residus knipt. MaskerAid gebruikt BLAST om juist hetzelfde te doen: minstens 99 gelijk, maar veel sneller klaar: minuten in plaats van uren. En knippen van genoom sequenties is niet nodig. Het kan nog simpeler: ik heb vroeger zelf een PERL script geschreven (zorro.pl) om met BLAST genoom sequenties te maskeren: alle hits tegen repeat databases worden in de query vervangen door 'x' zodat BLAST die in het vervolg niet meer gebruikt. Je kan de hoofdletters ook vervangen door kleine letters en met de aangepaste BLAST opties hetzelfde effect krijgen. Succes met Maskeraid, Jean-Marc -- Yves Van de Peer, PhD. Professor in Bioinformatics and Genome Biology Group Leader Bioinformatics and Evolutionary Genomics VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Ghent University Technologiepark 927 B-9052 Ghent Belgium Phone: +32 (0)9 331 3807 Cell Phone: +32 (0)476 560 091 Fax: +32 (0)9 331 3809 email: yves.vandepeer@psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be/