August 2008 - binari@psb.ugent.be - maillist.psb.ugent.be

[Binari] echo fun
by Sofie Van Landeghem 20 Aug '08

20 Aug '08

Waarom dit [solan@midas ~]$ echo -e dfqs -e dfqs en niet [solan@midas ~]$ echo -e dfqs dfqs ? -Sofie

3 4

[Binari] java puzzle
by Sofie Van Landeghem 20 Aug '08

20 Aug '08

I already found it, but I thought this was pretty odd at first, so who can tell me what might be going wrong here : code : Map<Object,Double> die = classifier.distributionForInstance(instance); double estimate = 0.0; if (die != null) { System.out.println("size " + die.size()); estimate = die.get(new Integer(1)); <-- line 94 } ------------------------------------------------------------------------- output : size 2 java.lang.NullPointerException at be.svlandeg.pi.classification.JavaMLClassifier.eval(JavaMLClassifier.java:94) Obviously, "die" is not null... -Sofie

3 5

[Binari] hhgttg
by Kenny Billiau 20 Aug '08

20 Aug '08

this is what you get when you generate your biomoby perk objects .. The moby guys seem to really really like that number .. my $region = new MOSES::MOBY::Data::Region ( end => 42, # TO BE EDITED Source => new MOSES::MOBY::Data::Source ( taxID => 42, # TO BE EDITED genotype => "this is a 'genotype '", # TO BE EDITED name => "this is a 'name '", # TO BE EDITED ), start => 42, # TO BE EDITED DNASequence => new MOSES::MOBY::Data::DNASequence ( SequenceString => "this is a 'SequenceString '", # TO BE EDITED Length => 42, # TO BE EDITED ), ElementContainer => new MOSES::MOBY::Data::ElementContainer ( Evidence => new MOSES::MOBY::Data::Evidence ( ), type => "this is a 'type '", # TO BE EDITED SubElement => new MOSES::MOBY::Data::SubElement ( Evidence => new MOSES::MOBY::Data::Evidence ( ), stop => 42, # TO BE EDITED start => 42, # TO BE EDITED strand => 42, # TO BE EDITED ), ), ); PS: admin, wolfenstein: enemy territory, lan party, psbdev, firewall, IT, gaming is not terrorism -- ================================================================== Kenny Billiau Web Developer Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM kenny.billiau(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

5 12

[Binari] van de website van de vdab (fwd)
by Kenny Billiau 20 Aug '08

20 Aug '08

Van een welgemeende maar anonieme bron :) -- ---------- Forwarded message ---------- Date: Wed, 20 Aug 2008 10:02:42 +0200 From: The Beast At The Girls Island To: Kenny Billiau <kebil(a)psb.ugent.be> Subject: van de website van de vdab Controle mag, maar niet onbeperkt Bij ons bracht de Commissie voor de Bescherming van de Persoonlijke Levenssfeer vorig jaar een advies uit over de vraag hoe ver een werkgever mag gaan. De werkgever mag het gebruik van de elektronische post en het surfen op het internet controleren, maar moet wel bepaalde grenzen respecteren. De controle moet gebaseerd zijn op drie principes, zegt de commissie: * Transparantie: de huisregels, de controlemethode en de eventuele sancties moeten van tevoren duidelijk meegedeeld zijn. * Proportionaliteit en noodzakelijkheid: geen algemene controles, maar alleen gerichte controles die steunen op een vermoeden van misbruik. Daarbij mogen alleen de gegevens worden verzameld die strikt nodig zijn. + Voor e-mail betekent dit dat de werkgever de inhoud van de berichten niet mag lezen. Er zijn andere methodes om verdachte mailtjes te identificeren, oordeelt de commissie. Bovendien mag de ontvanger niet even hard worden aangepakt als de verzender. + Wat het surfen op het internet betreft, mag de werkgever in de gaten houden welke websites vanuit het bedrijfsnetwerk worden bezocht. Maar hij mag niet opsporen wie het gedaan heeft, want dat zou een schending van de privesfeer zijn. De werkgever mag wel maatregelen nemen om te beletten dat bepaalde websites vanuit het bedrijfsnetwerk worden bezocht.

1 0

[Binari] continued
by Sofie Van Landeghem 20 Aug '08

20 Aug '08

http://www.lanparty.be/?page=photo_view&eventID=4 We should get our hands on that ;-) -Sofie

3 3

[Binari] Lan party is cancelled part
by Thomas Abeel 19 Aug '08

19 Aug '08

Lets go downstairs at 17h to have a beer and a goodbye lan-party-party.

3 2

[Binari] There is a party
by Kenny Billiau 19 Aug '08

19 Aug '08

Hi, tonight, we will reinstitute a long gone tradition of geek-partying! No beer, no wine, no music (except repetitive electronic mushroom music) and no dancing. It's a LAN party. The plan is: * 17-17.30: Installing of the games (or at least, giving a bit support to those who haven't installed it yet) * 17.30-7.00: Gaming * 7.00-7.05: Say hi to Kenny * 7.05-10.00: Gaming .. (But as tomorrow is a normal working day, we won't game on all night) The game for now is something completely free: Wolfenstein: Enemy Territory, a WWII First Person Shooter. You can get the game legally for free at: http://psbdev01/games/ Another mail will be sent around with the IP address of our dedicated gameserver. You can use your own computer for this, but you will have to be located somewhere in the building. Laptop users probably will have to switch to a regular desktop as they won't be able to reach our dedicated game server. Windows users will have to allow et.exe to penetrate the firewall (and you have to be admin to do that, that's why we have the 17-17.30 testing phase). Anyway, if you hear 'Granaaaaadeee' in a weird german accent, it's best to run away. Happy Headshot! Kenny PS: I'm not organising, no-one is. But if you want to blame someone for something, the supervising secretary of defence is liste. -- ================================================================== Kenny Billiau Web Developer Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM kenny.billiau(a)psb.ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

5 4

Re: [Fwd: [Binari] games (fwd)]
by Sofie Van Landeghem 19 Aug '08

19 Aug '08

Hoi Yves, ik denk ook niet dat het normaal problemen zou opleveren, maar aangezien IT het liever niet heeft, is het waarschijnlijk inderdaad best dat we het niet doen. We zullen dan vanavond maar 'n pintje gaan drinken als teambuilding ;-) groetjes Sofie Yves Van De Peer wrote: > > Hoi Sofie, > > Ik vind dit een moeilijke hoor. Persoonlijk zou ik hier ook niks tegen > hebben maar als het zo is dat er security issues zijn en er moest eens > een probleem opduiken (zelf weet ik helemaal niet of dit kan of niet) > dan gaat er idd. een vlieg aan de lamp zitten. Dirk is idd. niet > altijd openminded in zulke issues. Langs de andere kant. Het is het > departement dat de computers betaald en voor IT support zorgt en dat > is duidelijk niet met de bedoeling te laten gamen op deze computers. > Misschien dan toch best maar niet doen? > > Groetjes. Yves > > > -----Original Message----- > From: Sofie Van Landeghem <sofie.vanlandeghem(a)psb.ugent.be> > To: Yves Van De Peer > Sent: Tue Aug 19 11:57:03 2008 > Subject: [Fwd: [Binari] games (fwd)] > > Hoi Yves! > > Even maar een ter-info'tje, zodat je het niet via-via te horen moet > krijgen :-) > We gingen vanavond na de werkuren met wat mannen van de groep een klein > "lanparty"tje te houden, computerspelletjes in netwerk spelen dus... Op > één of andere manier is IT er achter gekomen, die o.a. vroegen of jij op > de hoogte was (zie onderstaande mail van Luc naar Kenny, hoewel het nu > niet enkel Kenny was die het "organiseerde" uiteraard, gewoon een idee > dat gegroeid was). Volgens ons is er ook niet echt een security risico, > en het woord "misbruik" vind ik nu zelf echt wel overdreven, maar goed... > > Ik wou het je maar laten weten, voor moest IT achteraf aan jou er iets > over vragen. Zou jij het een probleem moesten we hier vanavond een > spelletje spelen? We waren sowieso niet van plan het te laat te maken ;-) > > groetjes > Sofie > > > > -- > > ---------- Forwarded message ---------- > Date: Tue, 19 Aug 2008 11:34:13 +0200 > From: Luc Van Wiemeersch <luc.vanwiemeersch(a)psb.ugent.be> > To: Kenny Billiau <kebil(a)psb.ugent.be> > Cc: Dany Cuyt <dacuy(a)psb.ugent.be> > Subject: games > > Hi Kenny, > > Is het wel verstandig om games te organizeren in het lab? Weet Yves > hiervan? > Het gaat niet om de werkuren, wel om misbruik PSB netwerk met mogelijke > security risico's. We vertrouwen op jullie gezond verstand en > verantwoordelijkheidsgevoel. Ik zou dit niet doen als ik van jou was, > ik ken > Dirk Inzé zijn reacties hierop en dit kan gevolgen hebben. By the way, we > hebben zelf een game specialist in de groep. Kan je dit niet buiten > het lab? > thanks voor begrip, > > Luc > > -- > ================================================================== > Luc Van Wiemeersch IT management > Tel:+32 (0)9 331 38 12 fax:+32 (0)9 3313809 > VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University > Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM > luc.vanwiemeersch(a)psb.ugent.be http://www.psb.ugent.be > ================================================================== > > > > -- > ================================================================== > Sofie Van Landeghem > PhD Student > VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University > Bioinformatics and Evolutionary Genomics > Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM > Tel: +32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 > Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be > ================================================================== > -- ================================================================== Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Evolutionary Genomics Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

1 0

[Fwd: Re: [Fwd: [Binari] games (fwd)]]
by Sofie Van Landeghem 19 Aug '08

19 Aug '08

... -------- Original Message -------- Subject: Re: [Fwd: [Binari] games (fwd)] Date: Tue, 19 Aug 2008 12:04:16 +0200 From: Yves Van De Peer <Yves.vandepeer(a)psb.ugent.be> To: <sofie.vanlandeghem(a)psb.ugent.be> Hoi Sofie, Ik vind dit een moeilijke hoor. Persoonlijk zou ik hier ook niks tegen hebben maar als het zo is dat er security issues zijn en er moest eens een probleem opduiken (zelf weet ik helemaal niet of dit kan of niet) dan gaat er idd. een vlieg aan de lamp zitten. Dirk is idd. niet altijd openminded in zulke issues. Langs de andere kant. Het is het departement dat de computers betaald en voor IT support zorgt en dat is duidelijk niet met de bedoeling te laten gamen op deze computers. Misschien dan toch best maar niet doen? Groetjes. Yves -----Original Message----- From: Sofie Van Landeghem <sofie.vanlandeghem(a)psb.ugent.be> To: Yves Van De Peer Sent: Tue Aug 19 11:57:03 2008 Subject: [Fwd: [Binari] games (fwd)] Hoi Yves! Even maar een ter-info'tje, zodat je het niet via-via te horen moet krijgen :-) We gingen vanavond na de werkuren met wat mannen van de groep een klein "lanparty"tje te houden, computerspelletjes in netwerk spelen dus... Op één of andere manier is IT er achter gekomen, die o.a. vroegen of jij op de hoogte was (zie onderstaande mail van Luc naar Kenny, hoewel het nu niet enkel Kenny was die het "organiseerde" uiteraard, gewoon een idee dat gegroeid was). Volgens ons is er ook niet echt een security risico, en het woord "misbruik" vind ik nu zelf echt wel overdreven, maar goed... Ik wou het je maar laten weten, voor moest IT achteraf aan jou er iets over vragen. Zou jij het een probleem moesten we hier vanavond een spelletje spelen? We waren sowieso niet van plan het te laat te maken ;-) groetjes Sofie -- ---------- Forwarded message ---------- Date: Tue, 19 Aug 2008 11:34:13 +0200 From: Luc Van Wiemeersch <luc.vanwiemeersch(a)psb.ugent.be> To: Kenny Billiau <kebil(a)psb.ugent.be> Cc: Dany Cuyt <dacuy(a)psb.ugent.be> Subject: games Hi Kenny, Is het wel verstandig om games te organizeren in het lab? Weet Yves hiervan? Het gaat niet om de werkuren, wel om misbruik PSB netwerk met mogelijke security risico's. We vertrouwen op jullie gezond verstand en verantwoordelijkheidsgevoel. Ik zou dit niet doen als ik van jou was, ik ken Dirk Inzé zijn reacties hierop en dit kan gevolgen hebben. By the way, we hebben zelf een game specialist in de groep. Kan je dit niet buiten het lab? thanks voor begrip, Luc -- ================================================================== Luc Van Wiemeersch IT management Tel:+32 (0)9 331 38 12 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM luc.vanwiemeersch(a)psb.ugent.be http://www.psb.ugent.be ================================================================== -- ================================================================== Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Evolutionary Genomics Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ================================================================== -- ================================================================== Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Evolutionary Genomics Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

1 0

[Fwd: [Binari] games (fwd)]
by Sofie Van Landeghem 19 Aug '08

19 Aug '08

Hoi Yves! Even maar een ter-info'tje, zodat je het niet via-via te horen moet krijgen :-) We gingen vanavond na de werkuren met wat mannen van de groep een klein "lanparty"tje te houden, computerspelletjes in netwerk spelen dus... Op één of andere manier is IT er achter gekomen, die o.a. vroegen of jij op de hoogte was (zie onderstaande mail van Luc naar Kenny, hoewel het nu niet enkel Kenny was die het "organiseerde" uiteraard, gewoon een idee dat gegroeid was). Volgens ons is er ook niet echt een security risico, en het woord "misbruik" vind ik nu zelf echt wel overdreven, maar goed... Ik wou het je maar laten weten, voor moest IT achteraf aan jou er iets over vragen. Zou jij het een probleem moesten we hier vanavond een spelletje spelen? We waren sowieso niet van plan het te laat te maken ;-) groetjes Sofie -- ---------- Forwarded message ---------- Date: Tue, 19 Aug 2008 11:34:13 +0200 From: Luc Van Wiemeersch <luc.vanwiemeersch(a)psb.ugent.be> To: Kenny Billiau <kebil(a)psb.ugent.be> Cc: Dany Cuyt <dacuy(a)psb.ugent.be> Subject: games Hi Kenny, Is het wel verstandig om games te organizeren in het lab? Weet Yves hiervan? Het gaat niet om de werkuren, wel om misbruik PSB netwerk met mogelijke security risico's. We vertrouwen op jullie gezond verstand en verantwoordelijkheidsgevoel. Ik zou dit niet doen als ik van jou was, ik ken Dirk Inzé zijn reacties hierop en dit kan gevolgen hebben. By the way, we hebben zelf een game specialist in de groep. Kan je dit niet buiten het lab? thanks voor begrip, Luc -- ================================================================== Luc Van Wiemeersch IT management Tel:+32 (0)9 331 38 12 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM luc.vanwiemeersch(a)psb.ugent.be http://www.psb.ugent.be ================================================================== -- ================================================================== Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Evolutionary Genomics Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

1 0