- binari@psb.ugent.be - maillist.psb.ugent.be

[Binari] ruiselede, wereldstad
by Marijn Vandevoorde 23 Aug '10

23 Aug '10

vanwege een fiere inwoner: http://www.nieuwsblad.be/article/detail.aspx?articleID=BLICA_20100822_007&_… zotste attractie ooit? ik dacht het wel! als je me vanavond nodig hebt, ik zit daar! -- Marijn Vandevoorde Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM marijn.vandevoorde(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ================================================================== "You're so beautiful.You could be a part time model. But you'd probably still have to keep your normal job" --J. Clement

2 1

[Binari] [Fwd: Undelivered Mail Returned to Sender]
by Michiel Van Bel 23 Aug '10

23 Aug '10

sinds wanneer worden de binari mails naar psbweb02 geredirect? Ook grappig dat ik die mail nu pas krijg... dat dateert van vorige week woensdag :-s -- ================================================================== Michiel Van Bel PhD student Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM mibel(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

1 0

[Binari] who has more
by Lieven Sterck 23 Aug '10

23 Aug '10

movies on disk !!! :-X thx, L. -- ============================================================== Lieven Sterck, PhD Tel:+32 (0)9 3313821 Fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Bioinformatics and Evolutionary Genomics Division Technologiepark 927, B-9052 Gent, Belgium Email: lieven.sterck(a)psb.vib-ugent.be Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ============================================================== "Facts are meaningless. You could use facts to prove anything that's even remotely true" - H. Simpson

1 0

[Binari] LF tang of schroevendraaier
by Sebastian.Proost 19 Aug '10

19 Aug '10

Toevallig iemand die 'n tang of schroevendraaier hier heeft liggen? Zit 'n nietje vast in het nietjes machien van de spring wat ik d'r onmogelijk uitgeprutst krijg met m'n vingers. Seb

4 4

[Binari] Fwd: Open brief 'Onafhankelijk biotechnologisch onderzoek'
by Lieven Sterck 18 Aug '10

18 Aug '10

Gileetjen vind mij nen toffen :-p -------- Original Message -------- Subject: Open brief 'Onafhankelijk biotechnologisch onderzoek' Date: Wed, 18 Aug 2010 11:16:29 -0400 From: VIB <info(a)vib.be> To: lieven.sterck(a)psb.vib-ugent.be Beste Lieven Sterck, Hartelijk dank om de open brief over onafhankelijk biotechnologisch plantenonderzoek te ondertekenen. Stuur gerust onderstaand bericht door naar uw collega's: ------------------------------------------------------------------------ Beste collega Onderteken mee* *de open brief waarin benadrukt wordt dat het plantenbiotechnologisch onderzoek in Vlaanderen onafhankelijk gebeurt. De brief is geschreven naar aanleiding van de tendentieuze reportage op Canvas 'Gevaarlijke wetenschap' en zal worden aangeboden aan de hoofdredactie van Terzake en aan een Vlaamse krant. Stuur deze link gerust door aan uw collega’s aan de universiteiten. Hoe meer ondertekenaars, hoe sterker het signaal dat we uitsturen. http://www.formstack.com/forms/vib-open_brief_onafhankelijk_biotechnologisc… Met vriendelijke groeten,

2 1

[Binari] Fwd: URGENT - OPEN LETTER - CANVAS program "Gevaarlijke wetenschap"
by Marijn Vandevoorde 18 Aug '10

18 Aug '10

vandaar dus het spoedberaad hier deze morgen? Marijn Vandevoorde Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM marijn.vandevoorde(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ================================================================== "You're so beautiful.You could be a part time model. But you'd probably still have to keep your normal job" --J. Clement -------- Original Message -------- Subject: URGENT - OPEN LETTER - CANVAS program "Gevaarlijke wetenschap" Date: Wed, 18 Aug 2010 17:11:45 +0200 From: Christine Tire <chtir(a)psb.vib-ugent.be> To: all(a)psb.ugent.be CC: Geert Angenon <Geert.Angenon(a)vub.ac.be>, Nathalie Verbruggen <nverbru(a)ulb.ac.be>, Geert Angenon <Geert.Angenon(a)vub.ac.be>, Beemster Gerrit <Gerrit.Beemster(a)ua.ac.be>, Verbelen Jean-Pierre <jean-pierre.verbelen(a)ua.ac.be>, Vissenberg Kris <Kris.Vissenberg(a)ua.ac.be>, Harry Van Onckelen <harry.vanonckelen(a)ua.ac.be>, "dominique.vanderstraeten" <dominique.vanderstraeten(a)ugent.be> Dear All, It is very important that as many people as possible sign the "open letter" as reaction on the CANVAS program "Gevaarlijke Wetenschap" of 16/08. This letter will then be handed to the redaction of Ter Zake and a Flemish Newspaper. Please forward this message to colleagues within UGent or in other universities. Kind regards Dirk Inzé Beste collega, Onderteken mee* *de open brief waarin benadrukt wordt dat het plantenbiotechnologisch onderzoek in Vlaanderen onafhankelijk gebeurt. De brief is geschreven naar aanleiding van de tendentieuze reportage op Canvas 'Gevaarlijke wetenschap' en zal worden aangeboden aan de hoofdredactie van Terzake en aan een Vlaamse krant. Stuur deze link gerust door aan uw collega's aan de universiteiten. Hoe meer ondertekenaars, hoe sterker het signaal dat we uitsturen. http://www.formstack.com/forms/vib-open_brief_onafhankelijk_biotechnologisc… Met vriendelijke groeten, Dirk Inzé, Lieve Gheysen Geert De Jaeger, Jo Bury -- ================================================================== Christine Tire Tel:+32 (0)9 331 38 03 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM chtir(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================

4 4

[Binari] met de groetjes van frederik
by Marijn Vandevoorde 18 Aug '10

18 Aug '10

http://matt.might.net/articles/phd-school-in-pictures/ -- Marijn Vandevoorde Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM marijn.vandevoorde(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ================================================================== "Fat bottomed girls, you make the rockin' world go round." --F. Mercury

1 0

[Binari] Data transfer
by Thomas Van Parys 18 Aug '10

18 Aug '10

I'm testing my LeMoNe viewer on vampire as well as on my own pc... Weird observation: Running the viewer on my own pc takes about 35". Doing the very same thing on vampire keeps the bits flowing for over 2'20". The data is located on my home share, so both vampire as my machine have to fetch it there. Both are running a 64bit JVM. So... is vampire that slow? Is my pc that fast? Or is the network connection between vampire and the home share the bad? T. -- ================================================================== Thomas Van Parys Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM thomas.vanparys(a)psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

3 3

Re: [Binari] shell vraagje
by Thomas Van Parys 18 Aug '10

18 Aug '10

Op 18-08-10 11:33, Thomas Van Parys schreef: > Op 18-08-10 11:22, Michiel Van Bel schreef: >> >> Stel ik heb in 1 directory 2 soorten files >> ath.gff >> ptr.gff >> .... >> >> en >> ath_cds.gff >> ptr_cds.gff >> ... >> >> Nu moet ik, afhankelijk van het feit of die "_cds" erin voorkomt iets >> anders met die file doen >> >> #NIET MET _CDS >> for i in `ls -a [a-z,0-9]+.gff` > > This works: > > for i in `find -maxdepth 1 -regex ".*\/[a-z,0-9]*\.DAT"` Above was my test case... this is better: for i in `find -maxdepth 1 -regex ".*\/[a-z,0-9]+\.gff"` the first '.*\/' is because find returns a full path... > > >> do >> # GFF sorteren op reference (1) en start coordinate (4) >> sort -k1,1 -k4,4n $i | ./bgzip -c> $i.gz >> # Index stuff >> ./tabix -p gff $i.gz >> done >> #WEL MET _CDS >> for i in `ls -a *_cds.gff` >> do >> #CDS gffs dienen gewoon gezipt te worden gzip -f $i done >> >> ok, so far so good... >> probleem is enkel dat die >> for i in `ls -a [a-z,0-9]+.gff` >> niet werkt.... >> Iemand enig idee? >> > > -- ================================================================== Thomas Van Parys Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM thomas.vanparys(a)psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================

1 0

[Binari] mmap
by Frederik Delaere 16 Jul '10

16 Jul '10

http://en.wikipedia.org/wiki/Mmap is er een optie om bvb in blast hier gebruik van te maken ? lost direct het probleem op dat de clusternodes te weinig mem hebben ? idem voor die NGS dingen -- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================

3 5