- binari@psb.ugent.be - maillist.psb.ugent.be

[Binari] Java on midas
by Michiel Van Bel 09 Feb '09

09 Feb '09

Hey, someone else having trouble running Java-programs on midas right now? Did IT change anything (Java version, whatever) over the weekend? I wanted to run the exact same program I ran on Friday (just with a different file as input) , and i constantly get this: # # An unexpected error has been detected by Java Runtime Environment: # # Internal Error (exceptions.cpp:367), pid=4792, tid=4160019344 # Error: ExceptionMark destructor expects no pending exceptions # # Java VM: Java HotSpot(TM) Server VM (11.0-b11 mixed mode linux-x86) # An error report file with more information is saved as: # /tmp/hs_err_pid4792.log # # If you would like to submit a bug report, please visit: # http://java.sun.com/webapps/bugreport/crash.jsp # and those error logs are also not really helpful :-( -- ================================================================== Michiel Van Bel PhD student Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM mibel(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================

2 2

[Binari] working at home today
by kenny.billiau＠ugent.be 09 Feb '09

09 Feb '09

the chimney people are here ! (and I don't mean a late visit from Sinterklaas) -- ================================================================== Kenny Billiau Web Developer Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM kenny.billiau(a)ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ================================================================== "Never get out of the boat" -- Chef, APN

1 0

[Binari] snail mail
by lieven sterck 06 Feb '09

06 Feb '09

http://boingboing.net/2008/06/18/real-snail-mail.html -- ============================================================== Lieven Sterck, PhD Tel:+32 (0)9 3313821 Fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Bioinformatics and Evolutionary Genomics Division Technologiepark 927, B-9052 Gent, Belgium Email: lieven.sterck(a)psb.vib-ugent.be Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ============================================================== "Facts are meaningless. You could use facts to prove anything that's even remotely true!" H. Simpson

4 7

[Binari] google is starting to spook me
by Sofie Van Landeghem 05 Feb '09

05 Feb '09

Even though issues of privacy etc have been raised years before this email, only recently Google has started to scare me. One of their latest : http://gmailblog.blogspot.com/2009/02/see-where-your-friends-are-with-googl… What is worrying me, is when this sort of application is installed without the user knowing. The "webhistory" thing is a nice example : when logged in on gmail in your browser, it remembers all the google searches you do, and stores them on your gmail account. This means that when Stephen is still logged in on my pc (which happens a lot), he can see my browsing history *live* and I can see his, when both being at a different place. Does that not freak you out? This actually happened last week, and when I told him about it, he had no idea the Webhistory thing was doing that... Should we be really afraid? ;-) Sofie

1 0

[Binari] Thinkpad X31
by kenny.billiau＠ugent.be 04 Feb '09

04 Feb '09

Hi, I'm still have a (or even two) thinkpad X31's. They have the same specs as the Thinkpad X40, without: - docking station: so no DVD-ROM/CD-rw with: - bluetooth - firewire - AZERTY keyboard - Intel Centrino CPU @ 1.5G One is a bit damaged at the upperright corner of the screen (dented) and has a crack in the lower right corner of the laptop itself. But it still works like a charm. Other then that there are no scratches, dents or usage marks. Price: - undamaged: 230e (+7e shipping) - damaged : 210e (+7e shipping) If at any time, anyone needs one, or wants a small thinkpad, now really is the time to buy/sell them. (and I like to hunt on ebay ;)) Kenny. ps: the other specs are: 512 Mb ram 40 GB HD @ 4200rpm 12" TFT ATI Radeon Mobility 16MB stereo-speakers 2 x USB Ethernet 10/100/1000 Wifi 802.11abg SD-cardreader 56K modem touchpoint (no touchpad, indeed, it's a nippled laptop) PCMCIA slot Windows XP Professional license 273 x 223 x 30.2mm (WxDxH) weight of 1.6kg Batterylife: 4.5-5h -- ================================================================== Kenny Billiau Web Developer Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM kenny.billiau(a)ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ================================================================== "The price good men pay for indifference to public affairs is to be ruled by evil men." -Plato

1 0

[Binari] cluster doesn't find java?
by Sofie Van Landeghem 03 Feb '09

03 Feb '09

Running one of my normal jobs on the cluster : java: Command not found. wtf? -Sofie

1 0

[Binari] PHP pass by reference problem
by Kenny Billiau 03 Feb '09

03 Feb '09

Hi, with the introduction of magic methods in php5, you could have a catch-all function called __call($function, $args) to kick in as soon as no matching function was found for a call. This is great, as I can write one baseclass with default functionality. Secondly, in the main program I had something like this: $q = start_event_queue(); $result1 = $q->push(an_event); $result2 = $q->push(another_event); ... $q->fire_events(); The $result# where references to the actual results, so they didn't get a relevant value before fire_events is fired. This is great too. Thirdly, I wrapped above functionality so the events don't have to be defined .. even at runtime (yeah yeah, don't trip on this one ..). So I use the magic method __call to catch these. And here comes the problem... The magic method __call doesn't return by reference! (ARGG!) There's even a 4 year old bug report about it: http://bugs.php.net/bug.php?id=30959&edit=1 Does anyone have an idea how I could automagically remove that extra level, or how I could administer the perfect solution illustrated in 'secondly'. So, the question is: what the easiest way to administer this problem. -Kenny ps: djeezes, what an explanation. pps: the Francis/Stephane solution: "Actually, we need to rewrite php to basicly fit perl better" -- ================================================================== Kenny Billiau Web Developer Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM kenny.billiau(a)ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ================================================================== "The price good men pay for indifference to public affairs is to be ruled by evil men." -Plato

3 5

[Binari] psb-vib-ugent domein en SMTP settings (fwd)
by Kenny Billiau 02 Feb '09

02 Feb '09

And as Yves complies with Luc, I guess I have to fold. -Kenny -- ---------- Forwarded message ---------- Date: Mon, 02 Feb 2009 11:22:35 +0100 From: Luc Van Wiemeersch <luc.vanwiemeersch(a)psb.vib-ugent.be> To: kebil(a)psb.vib-ugent.be Cc: Yves Van de Peer <yvpee(a)psb.vib-ugent.be> Subject: psb-vib-ugent domein en SMTP settings Kenny, ik hoor dat je mensen adviseert om de UGent SMTP te gebruiken om het psb-vib-ugent.be domein te omzeilen. Gelieve dit met nadruk niet te doen. Je veroorzaakt problemen die wij dan achteraf mogen oplossen. Gelieve ook het nieuwe domein zelf te gebruiken zoals alle anderen. thanks, Luc -- ================================================================== Luc Van Wiemeersch IT management Tel:+32 (0)9 331 38 12 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM luc.vanwiemeersch(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================

2 2

[Binari] what I just got in my inbox...
by Tine Blomme 02 Feb '09

02 Feb '09

6 8

Re: [Binari] what I just got in my inbox...
by Kenny Billiau 02 Feb '09

02 Feb '09

Als we echt email berichten konden traceren was er geen sprake van spam ;) No offence, maar dit is dwaas. -Kenny On Mon, 2 Feb 2009, Tine Blomme wrote: > ik kreeg dit mailtje van een klasgenoot, en dacht probeer het gewoon uit. > > baat het niet dan schaat het niet!!. > > groetjes wendy > > jullie krijgen echt geld van microsoft..geen bullshit!!!goed lezen!!!!!! > xxxxlieke > > : Mailtje zeer belangrijk en doen h?!! > Hallo allemaal, normaal stuur ik deze mail nooit door, maar misschien > worden we zo wel stinkend rijk!! > Een vriendin van een collega stuurde dit door en zij is advocaat... > > Ze zegt dat het werkt! Uiteindelijk heb je niets te verliezen. > > Zie hier wat ze zegt: > > 'Ik ben advocaat en ik ken de wet. Dit is echt. Mispak u niet, AOL en > Intel > zullen hun beloften houden uit schrik van voor het gerecht getrokken te > worden en miljoenen schadeclaims ten laste gelegd te worden zoals deze van > Pepsi Cola tegen G?n?ral Electric. > > Beste vrienden, neem dit niet als klein bier. > > Bill Gates is bezig met zijn fortuin te verdelen. Als jullie er niet op > ingaan dan zullen jullie er misschien later spijt van hebben. > > Windows is het grootste programma ooit gebruikt. Microsoft en AOL > experimenteren door dit bericht elektronisch te versturen (e-mail b?ta > test) > > > Als jullie deze e-mail naar jullie vrienden doorsturen, zal Microsoft > (indien jullie met Microsoft Windows werken) gedurende twee weken alles > opvolgen. > > Voor iedereen die deze e-mail doorstuurt zal Microsoft jullie 245 euro > betalen. > > Voor iedereen die dit bericht doorgestuurd heeft en die mensen sturen hem > op > hun beurt door, krijgen jullie 243 euro van Microsoft. > > Voor de derde persoon die dit bericht ontvangt krijgen jullie 241 euro van > Microsoft. > > Binnen twee weken zal Microsoft jullie contacteren voor de bevestiging van > jullie adres en zullen ze jullie een cheque opsturen. > > . > > ik dacht dat het een kettingbrief was maar twee weken later, na dit > bericht > doorgestuurd te hebben kreeg ik van Microsoft een bericht om mijn adres op > te geven en ontving ik een cheque van 24800 euro. > > Jullie moeten dit bericht doorsturen voor deze test ten einde is. > > Als er iemand in staat is van dit te doen als commerci?le stunt dan is het > wel Bill Gates. Voor hem is dit een commerci?le uitgave. Stuur aub naar zo > veel mogelijk mensen door. Jullie moeten tenminste 10.000 euro ontvangen. > > Zoals ik gezegd heb, ik kan de wet en dit is echt. Intel en AOL zijn aan > het onderhandelen voor een fusie waardoor ze de grootste firma van de > wereld > zouden en om zeker te zijn van het systeem het meest gebruikt op de wereld > hebben Intel en AOL experimenteren ze met deze test. > > -- > ================================================================== > Tine Blomme > Tel:+32 (0)9 331 38 22 fax:+32 (0)9 3313809 > VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University > Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM > tiblo(a)psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be > ================================================================== > > --

1 0