jungens jungens jungnes (en meiskes ook) gewoon grep -P "perl regex" ays L. On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ? Omdat het anders gewoon een plusteken is.
http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
>> Thomas Abeel wrote: >> >> >> >> >>> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >>> spaties achter. >>> >>> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >>> >>> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >>> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >>> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >>> >>> >>> Any ideas why? >>> >>> thanks, >>> Thomas >>> _______________________________________________ >>> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >>> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >>> >>> >>> >>> >>> >> >> >> >> > > > -- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ============================================================== Lieven Sterck, PhD Tel:+32 (0)9 3313821 Fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Bioinformatics and Evolutionary Genomics Division Technologiepark 927, B-9052 Gent, Belgium Email: lieven.sterck@psb.vib-ugent.be Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ============================================================== "Facts are meaningless. You could use facts to prove anything that's even remotely true" - H. Simpson