Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ?
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
Thomas Abeel wrote:
> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal > spaties achter. > > Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. > > grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output > grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. > grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. > > > Any ideas why? > > thanks, > Thomas > _______________________________________________ > Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations > https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari > > > > >
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================