>ok,
>the software available on the website is only trained for Arabidopsis 
>and Human.
>So you can only use a test-file (in fasta format). The output-format is 
>described here: 
>http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/splicemachine/help/
>
>In order to train splicemachine yourself, you'll have to use the offline 
>installation (see attachment).
>However, as I didn't write the software, I do not think I can really 
>help you any further with any questions considering training 
>splicemachine yourself. Please have a look at the pdf-files included in 
>the attachment, for any further instructions.
>
>Michiel
>
>
>
>
>������ wrote:
>> Hi Michieal
>> Thanks for your reply!
>> Here I want to know how to run the software.To the inputing file, how 
>> to distinguish the training file and the testing file?or the all the 
>> data should be in one file?Then how to distinguish the true or false 
>> sites?
>> Thanks a lot!
>> Regards!
>> Xuejiao
>>
>>
>> >Hi Kang,
>> >you can run the splicemachine software at this location:
>> >http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/splicemachine/
>> >
>> >Just copy-paste the sequences in fasta format into the text-field, and 
>> >press the "run splicemachine" button.
>> >
>> >kind regards,
>> >Michiel
>> >
>> >
>> >
>> >Yves Van De Peer wrote:
>> >>
>> >> ------------------------------------------------------------------------
>> >> *From*: ������ <kxj19840724@126.com>
>> >> *To*: yves.vandepeer@psb.vib-ugent.be <yves.vandepeer@psb.vib-ugent.be>
>> >> *Sent*: Fri Jun 25 08:31:52 2010
>> >> *Subject*: A PHD student using splice machine
>> >>
>> >> Dear Professor
>> >>         I'm a PHD student doing research in splice sites prediction 
>> >> and I have read your article"Splice Machine: predicting splice sites 
>> >> from high-dimensional local context representations". Now I want to do 
>> >> some comparisons on NN269 acceptor datasets, but I don't know how to 
>> >> use the software(how to do prediction). Would you like to tell me the 
>> >> details?
>> >>        Best wishes to you and your family!
>> >>        Thanks a lot!
>> >>  
>> >>  
>> >>        Yours sincerely
>> >>        Kang xuejiao
>> >>
>> >>
>> >
>> >
>> >-- 
>> >==================================================================
>> >Michiel Van Bel 
>> >PhD student
>> >Tel:+32 (0)9 331 36 95                        fax:+32 (0)9 3313809
>> >VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University
>> >Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM
>> >mibel@psb.vib-ugent.be                         http://www.psb.vib-ugent.be
>> >http://bioinformatics.psb.ugent.be
>> >==================================================================
>> >
>> >
>>   
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>>
>
>
>-- 
>==================================================================
>Michiel Van Bel 
>PhD student
>Tel:+32 (0)9 331 36 95                        fax:+32 (0)9 3313809
>VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University
>Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM
>mibel@psb.vib-ugent.be                         http://www.psb.vib-ugent.be
>http://bioinformatics.psb.ugent.be
>==================================================================
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