Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ?
Omdat het anders gewoon een plusteken is. http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
> Thomas Abeel wrote: > > > > >> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >> spaties achter. >> >> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >> >> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >> >> >> Any ideas why? >> >> thanks, >> Thomas >> _______________________________________________ >> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >> >> >> >> >> > > > >
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari