dat schiet niet op, ik wil eigenlijk sedden en volgens mij heeft sed 
geen -P switch

Lieven Sterck wrote:
  

  jungens jungens jungnes (en meiskes ook)

gewoon grep -P "perl regex"

ays
L.

On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
    

Frederik Delaere wrote:
      

Thomas Abeel wrote:
        

dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.

Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+

          

waarom wel ?
        

Omdat het anders gewoon een plusteken is.

http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html

      

sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3

does the trick :-s

Sofie Van Landeghem wrote:

          

egrep?


Thomas Abeel wrote:

            

nope, doet ook niets

Sofie Van Landeghem wrote:


              

moet je niet -e doen voor reg.exp?

                

Thomas Abeel wrote:




                    

Ik heb een file waar vaak 'mRNA:     ' in voorkomt (mRNA: met een aantal
spaties achter.

Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.

grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output
grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output.
grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.


Any ideas why?

thanks,
Thomas
_______________________________________________
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations
https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari





                      

-- 
Sofie Van Landeghem
PhD Student
VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University
Bioinformatics and Systems Biology
Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM
Tel: +32 (0)9 331 36 95
Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be


------------------------------------------------------------------------

_______________________________________________
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations
https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari


                

_______________________________________________
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations
https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari


              

-- 
Sofie Van Landeghem
PhD Student
VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University
Bioinformatics and Systems Biology
Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM
Tel: +32 (0)9 331 36 95
Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be


------------------------------------------------------------------------

_______________________________________________
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations
https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari

            

_______________________________________________
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations
https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari

          

_______________________________________________
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations
https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
      

_______________________________________________
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations
https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
  

-- 
Sofie Van Landeghem
PhD Student
VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University
Bioinformatics and Systems Biology
Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM
Tel: +32 (0)9 331 36 95
Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be