dat schiet niet op, ik wil eigenlijk sedden en volgens mij heeft sed geen -P switch Lieven Sterck wrote:
jungens jungens jungnes (en meiskes ook)
gewoon grep -P "perl regex"
ays L.
On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ? Omdat het anders gewoon een plusteken is.
http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
> moet je niet -e doen voor reg.exp? > >>> Thomas Abeel wrote: >>> >>> >>> >>> >>>> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >>>> spaties achter. >>>> >>>> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >>>> >>>> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >>>> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >>>> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >>>> >>>> >>>> Any ideas why? >>>> >>>> thanks, >>>> Thomas >>>> _______________________________________________ >>>> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >>>> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>> >>> >>> >> >> > -- > Sofie Van Landeghem > PhD Student > VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University > Bioinformatics and Systems Biology > Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM > Tel: +32 (0)9 331 36 95 > Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations > https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari > > _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari