ok, klein vraagje waarom kan ikde "if/then/else" syntax op midas gebruiken, en niet op de cluster? Is er een manier om dit toch te doen? e.g. Dit werkt op midas : if [ -f smo.txt.out ] then echo "Output file for smo already exists" else ./C_Hunter ./Scheme/scheme.GO.data ./dataset/public_02/TANDEM/smo/map_list ./dataset/public_02/TANDEM/smo/data_list 2 10 20 0.001 50 t smo.txt fi Maar op cluster nodes krijg ik gewoon deze boodschap in de error-file if: Expression Syntax. (en dan crasht de job). Ik dacht dat dat standaard unix/linux commando's waren, maar blijkbaar toch niet :-( Michiel -- ================================================================== Michiel Van Bel PhD student Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM mibel@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================
bash, c-shell , ... ??? On 26/08/2010 16:35, Michiel Van Bel wrote:
ok, klein vraagje waarom kan ikde "if/then/else" syntax op midas gebruiken, en niet op de cluster? Is er een manier om dit toch te doen? e.g. Dit werkt op midas :
if [ -f smo.txt.out ] then echo "Output file for smo already exists" else ./C_Hunter ./Scheme/scheme.GO.data ./dataset/public_02/TANDEM/smo/map_list ./dataset/public_02/TANDEM/smo/data_list 2 10 20 0.001 50 t smo.txt fi
Maar op cluster nodes krijg ik gewoon deze boodschap in de error-file if: Expression Syntax. (en dan crasht de job).
Ik dacht dat dat standaard unix/linux commando's waren, maar blijkbaar toch niet :-(
Michiel
-- ============================================================== Lieven Sterck, PhD Tel:+32 (0)9 3313821 Fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Bioinformatics and Evolutionary Genomics Division Technologiepark 927, B-9052 Gent, Belgium Email: lieven.sterck@psb.vib-ugent.be Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ============================================================== "Facts are meaningless. You could use facts to prove anything that's even remotely true" - H. Simpson
je gebruikt bash syntax, alles is hier default c-shell voorbeeld: if ("`hostname`" == "modiomo") then setenv PATH "/usr/local/bin:${PATH}" endif Lieven Sterck wrote:
bash, c-shell , ... ???
On 26/08/2010 16:35, Michiel Van Bel wrote:
ok, klein vraagje waarom kan ikde "if/then/else" syntax op midas gebruiken, en niet op de cluster? Is er een manier om dit toch te doen? e.g. Dit werkt op midas :
if [ -f smo.txt.out ] then echo "Output file for smo already exists" else ./C_Hunter ./Scheme/scheme.GO.data ./dataset/public_02/TANDEM/smo/map_list ./dataset/public_02/TANDEM/smo/data_list 2 10 20 0.001 50 t smo.txt fi
Maar op cluster nodes krijg ik gewoon deze boodschap in de error-file if: Expression Syntax. (en dan crasht de job).
Ik dacht dat dat standaard unix/linux commando's waren, maar blijkbaar toch niet :-(
Michiel
-- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================
*sniff* maar waarom werkt dat dan wel op midas :-/ Frederik Delaere wrote:
je gebruikt bash syntax, alles is hier default c-shell
voorbeeld:
if ("`hostname`" == "modiomo") then setenv PATH "/usr/local/bin:${PATH}" endif
Lieven Sterck wrote:
bash, c-shell , ... ???
On 26/08/2010 16:35, Michiel Van Bel wrote:
ok, klein vraagje waarom kan ikde "if/then/else" syntax op midas gebruiken, en niet op de cluster? Is er een manier om dit toch te doen? e.g. Dit werkt op midas :
if [ -f smo.txt.out ] then echo "Output file for smo already exists" else ./C_Hunter ./Scheme/scheme.GO.data ./dataset/public_02/TANDEM/smo/map_list ./dataset/public_02/TANDEM/smo/data_list 2 10 20 0.001 50 t smo.txt fi
Maar op cluster nodes krijg ik gewoon deze boodschap in de error-file if: Expression Syntax. (en dan crasht de job).
Ik dacht dat dat standaard unix/linux commando's waren, maar blijkbaar toch niet :-(
Michiel
-- ================================================================== Michiel Van Bel PhD student Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM mibel@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================
omdat je wss in en bash shell zit ? zet je dat stuff in je submitscript ? en hoe ziet dat script eruit ? Michiel Van Bel wrote:
*sniff* maar waarom werkt dat dan wel op midas :-/
Frederik Delaere wrote:
je gebruikt bash syntax, alles is hier default c-shell
voorbeeld:
if ("`hostname`" == "modiomo") then setenv PATH "/usr/local/bin:${PATH}" endif
Lieven Sterck wrote:
bash, c-shell , ... ???
On 26/08/2010 16:35, Michiel Van Bel wrote:
ok, klein vraagje waarom kan ikde "if/then/else" syntax op midas gebruiken, en niet op de cluster? Is er een manier om dit toch te doen? e.g. Dit werkt op midas :
if [ -f smo.txt.out ] then echo "Output file for smo already exists" else ./C_Hunter ./Scheme/scheme.GO.data ./dataset/public_02/TANDEM/smo/map_list ./dataset/public_02/TANDEM/smo/data_list 2 10 20 0.001 50 t smo.txt fi
Maar op cluster nodes krijg ik gewoon deze boodschap in de error-file if: Expression Syntax. (en dan crasht de job).
Ik dacht dat dat standaard unix/linux commando's waren, maar blijkbaar toch niet :-(
Michiel
-- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================
Tja, waarschijnlijk zit ik inderdaad in een bash-shell (maar ik was in de war omdat je zei dat alles hier c-shell is bij default). Anyway, in het submitie-script staat gewoon 20 keer dat stuk code (check of er een file bestaat, zoniet, doe dan iets nuttigs :-p ), maar telkens voor een andere file natuurlijk. Ik zal mijn script-generator aanpassen zodat het c-shell style if/else gebruikt om te checken of de files bestaan. Merci voor de uitleg alleszins. Frederik Delaere wrote:
omdat je wss in en bash shell zit ?
zet je dat stuff in je submitscript ? en hoe ziet dat script eruit ?
Michiel Van Bel wrote:
*sniff* maar waarom werkt dat dan wel op midas :-/
Frederik Delaere wrote:
je gebruikt bash syntax, alles is hier default c-shell
voorbeeld:
if ("`hostname`" == "modiomo") then setenv PATH "/usr/local/bin:${PATH}" endif
Lieven Sterck wrote:
bash, c-shell , ... ???
On 26/08/2010 16:35, Michiel Van Bel wrote:
ok, klein vraagje waarom kan ikde "if/then/else" syntax op midas gebruiken, en niet op de cluster? Is er een manier om dit toch te doen? e.g. Dit werkt op midas :
if [ -f smo.txt.out ] then echo "Output file for smo already exists" else ./C_Hunter ./Scheme/scheme.GO.data ./dataset/public_02/TANDEM/smo/map_list ./dataset/public_02/TANDEM/smo/data_list 2 10 20 0.001 50 t smo.txt fi
Maar op cluster nodes krijg ik gewoon deze boodschap in de error-file if: Expression Syntax. (en dan crasht de job).
Ik dacht dat dat standaard unix/linux commando's waren, maar blijkbaar toch niet :-(
Michiel
-- ================================================================== Michiel Van Bel PhD student Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM mibel@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================
maar als je submit script de shebang #!/bin/bash heeft zal bij het uitvoeren op midas dan zal bash in actie schieten maar de cluster zal datzelfde script met tcsh runnen Michiel Van Bel wrote:
Tja, waarschijnlijk zit ik inderdaad in een bash-shell (maar ik was in de war omdat je zei dat alles hier c-shell is bij default). Anyway, in het submitie-script staat gewoon 20 keer dat stuk code (check of er een file bestaat, zoniet, doe dan iets nuttigs :-p ), maar telkens voor een andere file natuurlijk. Ik zal mijn script-generator aanpassen zodat het c-shell style if/else gebruikt om te checken of de files bestaan. Merci voor de uitleg alleszins.
Frederik Delaere wrote:
omdat je wss in en bash shell zit ?
zet je dat stuff in je submitscript ? en hoe ziet dat script eruit ?
Michiel Van Bel wrote:
*sniff* maar waarom werkt dat dan wel op midas :-/
Frederik Delaere wrote:
je gebruikt bash syntax, alles is hier default c-shell
voorbeeld:
if ("`hostname`" == "modiomo") then setenv PATH "/usr/local/bin:${PATH}" endif
Lieven Sterck wrote:
bash, c-shell , ... ???
On 26/08/2010 16:35, Michiel Van Bel wrote:
ok, klein vraagje waarom kan ikde "if/then/else" syntax op midas gebruiken, en niet op de cluster? Is er een manier om dit toch te doen? e.g. Dit werkt op midas :
if [ -f smo.txt.out ] then echo "Output file for smo already exists" else ./C_Hunter ./Scheme/scheme.GO.data ./dataset/public_02/TANDEM/smo/map_list ./dataset/public_02/TANDEM/smo/data_list 2 10 20 0.001 50 t smo.txt fi
Maar op cluster nodes krijg ik gewoon deze boodschap in de error-file if: Expression Syntax. (en dan crasht de job).
Ik dacht dat dat standaard unix/linux commando's waren, maar blijkbaar toch niet :-(
Michiel
-- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================
participants (3)
-
Frederik Delaere -
Lieven Sterck -
Michiel Van Bel