Op 18-08-10 11:33, Thomas Van Parys schreef:

Op 18-08-10 11:22, Michiel Van Bel schreef:

...

Stel ik heb in 1 directory 2 soorten files ath.gff ptr.gff ....

en ath_cds.gff ptr_cds.gff ...

Nu moet ik, afhankelijk van het feit of die "_cds" erin voorkomt iets anders met die file doen

#NIET MET _CDS for i in `ls -a [a-z,0-9]+.gff`

This works:

for i in `find -maxdepth 1 -regex ".*\/[a-z,0-9]*\.DAT"`

Above was my test case... this is better: for i in `find -maxdepth 1 -regex ".*\/[a-z,0-9]+\.gff"` the first '.*\/' is because find returns a full path...

...

do # GFF sorteren op reference (1) en start coordinate (4) sort -k1,1 -k4,4n $i | ./bgzip -c> $i.gz # Index stuff ./tabix -p gff $i.gz done #WEL MET _CDS for i in `ls -a *_cds.gff` do #CDS gffs dienen gewoon gezipt te worden gzip -f $i done

ok, so far so good... probleem is enkel dat die for i in `ls -a [a-z,0-9]+.gff` niet werkt.... Iemand enig idee?

-- ================================================================== Thomas Van Parys Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM thomas.vanparys@psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================