[BBC] séminaire bioinformatique A. Taton, vendredi

[Annick Wilmotte]

Séminaire CIP, vendredi 11 janvier, 10H30, local 1.75 (B6c)

BioBIKE, un environnement bioinformatique intégré 
et accessible par le Web pour l’analyse comparative de génomes
Arnaud Taton, Jonny Casey, JP Massar, Bogdan 
Mihai, John Myers, Nihar Sheth, Mark Slupesky, 
Mike Travers, Peter Seibel, Jeff Shrager & Jeff Elhai
Center for the Study of Biological Complexity, 
Virginia Commonwealth University, Richmond, VA

Ces dernières années, les biologistes ont été 
confrontés à une quantité trop importante de 
données. Cette masse de données génomiques, 
protéomiques et autres données expérimentales est 
précieuse, mais la convertir en connaissance 
requiert une intervention humaine. Ce processus 
peut être facilité mais non automatisé. BioBIKE 
(Biological Integrated Knowledge Environment) est 
un outil pour rassembler les données intéressant 
les biologistes et analyser ces données de manière nouvelle et créative.
BioBIKE comprend une base de données pour un 
groupe homogène d’organismes (ex. bactéries 
photosynthétiques, virus) et un environnement de 
programmation. Il connaît les concepts communs de 
biologie moléculaire (e.g. “traduction” et 
“orthologues”), il offre une interface commune 
pour plusieurs outils bioinformatiques (ex. RNAz, 
MEME et PHYLIP) et peut combiner l’analyse de 
génomes avec des données de microarrays, les 
domaines Pfam, les cycles métaboliques et 
d’autres informations disponibles à partir de 
diverses ressources (ex. KEGG et GenBank). 
Accessible via le Web et inclus dans une 
interface graphique, BioBIKE a la flexibilité et 
le potentiel d’un langage de programmation (ex. 
pour effectuer des tâches répétitives et créer de 
nouveaux outils) mais permet aux biologistes sans 
expérience en programmation de programmer 
l’ordinateur pour réaliser des analyses suggérées par le problème.
Plusieurs instances BioBIKE sont publiquement 
opérationnelles pour les Streptococci, les virus, 
les bactéries photosynthétiques. Les 
cyanobactéries feront l’objet de ce séminaire.

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CIP ( 
<http://www.ulg.ac.be/cingprot/>http://www.cip.ulg.ac.be<http://www.ulg.ac.be/cingprot/>/)
Institute of Chemistry
Sart Tilman B6
University of Liège
B-4000   Liège,  Belgium
Tel: 32 4 366 38 56 / 33 87
Fax: 32 4 366 33 64

!!!!Visit the website of Micromat, MIDI-CHIP, LAQUAN, B-BLOOMS, AMBIO:
<http://www.nerc-bas.ac.uk/public/mlsd/micromat/>www<http://www.nerc-bas.ac.uk/public/mlsd/micromat/>.nerc-bas.ac.uk/public/mlsd/micromat/ 
, http://www.cip.ulg.ac.be/midichip/
www.LAQUAN.UGent.be, www.bblooms.ulg.ac.be, www.ambio.ulg.ac.be
Eager to eat cyanobacteria in space? look at 
http://ecls.esa.int/ecls/?p=melissa
Belgian polar research cluster BE-POLES : 
http://www.belspo.be/belspo/BePoles/index_en.stm
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