[BBC] Soutenance publique de la thèse de Sylvain Brohée
Jacques van Helden
Jacques.van.Helden at ulb.ac.be
Wed Oct 22 14:30:19 CEST 2008
Soutenance publique de la thèse de Sylvain Brohée
Etude bioinformatique du réseau d'interactions
entre protéines de transport chez les Fungi
Directeurs de thèse: Jaques van Helden & Bruno André
Lundi 10 novembre 2008 à 16:30
ULB Campus Plaine, Salle Solvay
Bâtiment N/O, niveau 5
Boulevard du Triomphe, Accès 2, 1050 Bruxelles
Plan d'accès: http://www.ulb.ac.be/docs/campus/pla_NO.html
Résumé de la thèse
Les protéines associées aux membranes sont d'une importance cruciale
pour la cellule. Cependant, en raison d'une plus grande difficulté de
manipulation, les données biochimiques les concernant sont très
lacunaires, notamment au point de vue de la formation de complexes
entre ces protéines.
L'objectif global de notre travail consiste à combler ces lacunes et à
préciser les interactions entre protéines membranaires chez la levure
Saccharomyces cerevisiae et plus précisément, entre les
transporteurs . Nous avons commencé notre travail par l'étude d'un jeu
de données d'interactions à grande échelle entre toutes les perméases
détectées par un méthode de double hybride spécialisée pour les
protéines membranaires. La qualité des données a été estimée en
étudiant le comportement global des données et des témoins négatifs et
positifs. Les données ont ensuite été standardisées et filtrées de
façon à ne conserver que les plus significatives. Ces interactions ont
été étudiées en les modélisant dans un réseau d'interactions que nous
avons étudié par des techniques issues de la théorie des graphes.
Après une évaluation systématique de différentes méthodes, nous avons
notamment recherché au sein du réseau des groupes de protéines
densément interconnectées et de fonctions similaires (clustering sur
graphe) qui correspondraient éventuellement à des complexes
protéiques. Les résultats révélés par l'étude du réseau expérimental
se sont révélés assez décevant. En effet, même si nous avons pu
retrouver certaines interactions déjà décrites, un bon nombre des
interactions filtrées semblait n'avoir aucune réalité biologique et
nous n'avons pu retrouver que très peu de modules hautement connectés
de fonction homogène.
L'approche expérimentale n'ayant eu que peu de succès, nous l'avons
contournée en utilisant des méthodes de génomique comparative
d'inférence d'interactions fonctionnelles. Dans un premier temps,
malgré une évaluation rigoureuse, l'étude des profils phylogénétiques
(la prédiction d'interactions fonctionnelles en étudiant la corélation
des profils de présence – absence des gènes dans un ensemble de
génomes), n'a eu que des résultats mitigés car les perméases semblent
très peu conservées dès lors que l'on considère d'autres organismes
que les Fungi. Par la suite, nous avons ensuite développé une nouvelle
méthode qui construit un réseau de co-régulation génétique sur base de
la similarité des empreintes phylogénétiques découvertes dans tous les
gènes de levure. Cette méthode, qui n'utilise que les séquences
génomiques pour l'inférence du réseau, a donné de très bons résultats,
validés in silico et expérimentalement et son application à l'ensemble
des perméases a permis de retrouver plusieurs régulations bien
connues, d'en inférer de nouvelles et de proposer de nouvelles pistes
de recherche.
En parallèle à ce travail, nous avons développé et rendu accessible
NeAT (http://rsat.bigre.ulb.ac.be/neat/) un ensemble d'outils
informatiques consacrés à l'analyse de réseaux biologiques.
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: https://maillist.psb.ugent.be/pipermail/bbclist/attachments/20081022/14699064/attachment-0002.html
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: decanat-0001.pdf
Type: application/pdf
Size: 16269 bytes
Desc: not available
Url : https://maillist.psb.ugent.be/pipermail/bbclist/attachments/20081022/14699064/attachment-0003.pdf
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: https://maillist.psb.ugent.be/pipermail/bbclist/attachments/20081022/14699064/attachment-0003.html
More information about the BBClist
mailing list