December 2014 - BBClist - maillist.psb.ugent.be

vacancy project manager dry lab R&D - transcriptome analysis
by Jo Vandesompele 24 Dec '14

24 Dec '14

UGent spin-off Biogazelle is looking for a project manager dry lab (bio-informatics) research & development in the field of transcriptome analysis. Vacancy available at http://bgzlle.com/1AaruVZ -- prof. dr. ir. Jo Vandesompele Ghent University Center for Medical Genetics Ghent (CMGG) postal and laboratory address: Medical Research Building (MRB), 2nd floor office address: Blok B, ground floor, room 100.017 De Pintelaan 185, B-9000 Ghent, Belgium +32 479 353563 (mobile) | +32 9 332 6549 (fax) Joke.Vandesompele(a)UGent.be<mailto:Joke.Vandesompele@UGent.be> twitter.com/jvdesomp www.linkedin.com/in/jvdesomp www.cmgg.be www.nucleotides2networks.be<http://www.nucleotides2networks.be>

1 0

Vacature Systeembeheerder/Software Engineer, Afdeling Klinische Genetica, VU medisch centrum Amsterdam
by Beek, Daphne van 23 Dec '14

23 Dec '14

Vacature Systeembeheerder / Software Engineer (36 uur) klinische genetica VUmc Beheer en ontwikkeling van de soft- en hardware infrastructuur Link vacature: http://www.werkenbijvumc.nl/vacatures/D5.2014.00209FS/?Systeembeheerder+%2F… Werkomgeving De afdeling klinische genetica is verantwoordelijk voor de diagnostiek van patiëntmateriaal bij (mogelijke) genetische/erfelijke afwijkingen. Het is van belang dat de doorlooptijd van de diagnostiek zo kort mogelijk is, dus zoveel mogelijk processen binnen klinische genetica worden geautomatiseerd. Er wordt naast traditionele methoden gebruik gemaakt van Next Generation Sequencing dat veel 'big data' genereert. Voor alle processen op het lab is het belangrijk dat de diagnostiek geborgd wordt door een goede soft- en hardware infrastructuur, versiebeheer en onderhoud. Werkzaamheden Als Software Engineer/Systeembeheerder zijn je voornaamste taken en verantwoordelijkheden: - Optimaliseren van de diagnostische workflow (o.a. door te automatiseren); - Uitvoeren van periodieke checks en het genereren van statistieken; - Versiebeheer van zowel soft- als hardware; - Met behulp van IT de continuïteit van de diagnostiek waarborgen; - Beheren van de pc's die voor diagnostiek doeleinden gebruikt worden (bijv. robots). - Contact leggen en onderhouden met de afdeling ICT van Vumc. - Runnen en onderhouden van diagnostische pipelines - Programmeren van robots Je profiel Wij zoeken iemand met de volgende kennis en ervaring: - Afgeronde WO opleiding informatica of een afgeronde HBO opleiding informatica met relevante werkervaring; - Ervaring met het opzetten/onderhouden van een automatiserings pipeline; - Kennis van en ervaring met Python en bash in een Linux omgeving; - Ervaring met het werken met cluster computers is een pré; - Ervaring in de bioinformatica/genetica is niet nodig, interesse hierin is echter wenselijk; Daarnaast ben je initiatiefrijk, analytisch, stressbestendig en inventief. Onze arbeidsvoorwaarden Salarisschaal: 8 (min EUR 2.441 tot max EUR 3.704 o.b.v. 36 uur/week), inschaling afhankelijk van opleiding en ervaring. Salarisschaal 9 (min 2689 t/m 3704) mogelijk op basis van opleiding en ervaring. Naast een uitstekend basissalaris bieden we onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Voor meer informatie over onze voorwaarden zie: http://www.werkenbijvumc.nl/vumc/arbeidsvoorwaarden/ Wij bieden in eerste instantie een contract voor 12 maanden, dat bij goed functioneren kan worden verlengd. Bijzonderheden Interesse? Voor inhoudelijke informatie kun je terecht bij Daphne van Beek, bio-informaticus, via telefoonnummer: 020 - 444 3092 of bij dr. E.A. Sistermans, hoofd genoomdiagnostiek, via telefoonnummer: 020 - 444 8346. Vriendelijke groet, ir. Daphne van Beek Bioinformaticus Klinische Genetica E: d.vanbeek(a)vumc.nl T: +31 (0)20 444 30 92 Afwezig: Om de week op vrijdag [http://www.vumc.nl/corporate/5489865/8393215/VUmc_E_logo+payoff.jpg] Van der Boechorststraat 7 (MF J-391), 1081 BT Amsterdam Postadres: Postbus 7057, 1007 MB Amsterdam www.vumc.nl<blocked::www.vumc.nl> www.vumc.nl/socialemedia<http://www.vumc.nl/socialemedia> www.vumc.nl/steun-ons<http://www.vumc.nl/steun-ons> --------------------------------------------------- Disclaimer Deze e-mail is vertrouwelijk en alleen bestemd voor de geadresseerde. Als deze e-mail niet voor u bestemd is, wordt u verzocht dit aan de afzender te melden, het bericht niet verder te verspreiden en direct te vernietigen. VU medisch centrum staat niet in voor de juiste en volledige overbrenging van de inhoud van deze e-mail. ---------------------------------------------------

1 0

BioSB 2015 Save the date
by Jacintha van Beemen 19 Dec '14

19 Dec '14

BioSB 2015, the Bioinformatics & Systems Biology conference Date: May 20 - 21, 2015 Venue: Conference Centre De Werelt, Lunteren, the Netherlands Website: http://biosb.nl/events/biosb-2015-conference <http://biosb.nl/events/biosb-2015-conference/> Science & applications BioSB 2015 discusses the latest developments in bioinformatics, systems and computational biology and interrelated disciplines, and their wide-ranging applications in life sciences & health, agriculture, food & nutrition and industrial biotechnology. BioSB 2015 offers a cross-disciplinary scientific program of (poster) presentations, application demonstrations, satellite meetings and workshops. Confirmed keynote speakers First confirmed keynote speakers at the conference are: * Terry Hwa, U.C. San Diego * Paul de Bakker, Medical Genetics, UMC Utrecht * Jill Banfield, U.C. Berkeley * Luis Serrano, Centre for Genomic Regulation, Spain More information If you would like to stay up to date about the conference you can also sign up for the BioSB newsletter via: http://biosb.nl/newsletter/

1 0

Research Informatics Scientist at VIB BITS
by Alexander Botzki | VIB | 18 Dec '14

18 Dec '14

VIB is looking to expand its Institute-wide bio- and research informatics and training platform, BITS, with a research informatics scientist. You will be employed in the Bioinformatics Training and Service (BITS) facility of VIB whose mission is to provide research informatics resources and services to VIB and to promote education in bioinformatics. You will be responsible for the technical support for end users of VIB’s electronic lab notebook system and the delivery of on-site training sessions. You will also provide support to individual scientists to solve bio- and research informatics bottlenecks and problems. You will play a key role in setting up bioinformatics tools and infrastructure to enable processing, analysis, visualization and dissemination of integrated OMICS datasets. Profile You have a PhD Degree in Biology, Biomedical Sciences, Bioinformatics or a related degree. Strong experience of electronic lab notebook systems, preferably E-Notebook, and Information management systems (document management, data repositories,…) is required. Strong experience with bioinformatics methods, databases, and managing larger data sets is required. A good working knowledge of Linux/Unix and programming languages such as Perl, SQL, R, Java, Python or C would be desirable. Working knowledge of basic principles of laboratory experiments using standard biological techniques (bioassays, instrumentation, animal experimentation,…) is desirable. Experience with training/teaching of students/end-users is beneficial. Working knowledge of computer technology (databases, client-server architectures, Windows, Mac, Linux operating systems, Citrix) is beneficial. Excellent knowledge of English, communication and teaching skills and the ability to interact proactively with research scientists and IT-personnel are essential requirements. How to apply? See http://www.vib.be/en/jobs/Pages/Research-Informatics-Scientist.aspx

1 0

2 PhD student positions in computational biology at University of Antwerp
by Kris Laukens 18 Dec '14

18 Dec '14

Dear all, we are currently looking for two new PhD students to strengthen our team: 1. PhD student in bioinformatics of immune-response More info: http://www.biomina.be/careers/immunobioinformatics-2015 <http://www.biomina.be/careers/immunobioinformatics-2015> 2. PhD student position in computational drug discovery & metabolomics More info: http://www.biomina.be/careers/computational-drug-discovery-2015 <http://www.biomina.be/careers/computational-drug-discovery-2015> Feel free to spread the news to any potentially interested candidates. Kind regards Kris Laukens -- Advanced Database Research and Modelling (ADReM) University of Antwerp Middelheimlaan 1, G.219, B-2020 Antwerpen, Belgium T +32 (0)3 265 33 10 E kris.laukens(a)uantwerpen.be W www.uantwerpen.be/en/staff/kris-laukens/ Biomedical Informatics research center Antwerpen (biomina) Wilrijkstraat 10, B-2650 Edegem, Belgium W www.biomina.be

1 0

Fwd: Vacancy for a web-developer at PDBe
by Wim Vranken 17 Dec '14

17 Dec '14

Dear all, For those with an interest in web development, a position is available at the EBI, see below. Best, Wim Begin forwarded message: > Hi all, > > We are looking to recruit an experienced Web Front-End Developer with an interest in biological data to work within the Protein Data Bank in Europe team (PDBe; pdbe.org) at the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) in Cambridge (UK). > > For more information, please surf to: > > http://ig14.i-grasp.com//fe/tpl_embl01.asp?newms=jj&id=53259&aid=15470 > > Feel free to pass the information on to any potentially interested and qualified people you may know. > > Thanks! > > --Gerard > > --- > Gerard J. Kleywegt, PDBe, EMBL-EBI, Hinxton, UK > gerard(a)ebi.ac.uk ..................... pdbe.org > Secretary: Pauline Haslam pdbe_admin(a)ebi.ac.uk > _______________________________________________ > bmrblist mailing list > bmrblist(a)lists.bmrb.wisc.edu > http://lists.bmrb.wisc.edu/mailman/listinfo/bmrblist

1 0

FW: Next generation supercomputing in Flanders: value creation for your business !
by Katrijn Vannerum 16 Dec '14

16 Dec '14

Invitation to The Hercules VSC Industry day 27/01/15 Kind regards, Katrijn Vannerum PhD Project manager N2N (From Nucleotides to Networks) Multidisciplinary Research Partnership Bioinformatics and Systems Biology Ghent University http://www.nucleotides2networks.be/ twitter: @N2N_UGent Katrijn.Vannerum(a)UGent.be<mailto:Katrijn.Vannerum@UGent.be> Technologiepark 927 9052 Gent, Belgium +32 (0)9 331 36 85 [cid:image001.png@01D01927.7F1D7400] From: Alexander Botzki | VIB | <Alexander.Botzki(a)vib.be<mailto:Alexander.Botzki@vib.be>> Subject: FW: Next generation supercomputing in Flanders: value creation for your business ! Date: 16 Dec 2014 11:04:50 GMT+2 To: Lennart Martens <lennart.martens(a)vib-ugent.be<mailto:lennart.martens@vib-ugent.be>>, Wim Vranken <wim.vranken(a)vib-vub.be<mailto:wim.vranken@vib-vub.be>>, Mark Fiers <mark.fiers(a)cme.vib-kuleuven.be<mailto:mark.fiers@cme.vib-kuleuven.be>>, Yvan Saeys <yvan.saeys(a)irc.vib-ugent.be<mailto:yvan.saeys@irc.vib-ugent.be>>, Wouter Van Delm <Wouter.VanDelm(a)vib.be<mailto:Wouter.VanDelm@vib.be>>, Frederik Coppens <frederik.coppens(a)psb.vib-ugent.be<mailto:frederik.coppens@psb.vib-ugent.be>>, Ligia Mateiu <ligia.mateiu(a)molgen.vib-ua.be<mailto:ligia.mateiu@molgen.vib-ua.be>>, Bart Smets <bart.smets(a)molgen.vib-ua.be<mailto:bart.smets@molgen.vib-ua.be>>, Els Herregods | VIB | <els.herregods(a)vib.be<mailto:els.herregods@vib.be>> Cc: Diether Lambrechts <Diether.Lambrechts(a)med.kuleuven.be<mailto:Diether.Lambrechts@med.kuleuven.be>>, Stuart Maudsley <stuart.maudsley(a)molgen.vib-ua.be<mailto:stuart.maudsley@molgen.vib-ua.be>>, Steven Maere <steven.maere(a)psb.vib-ugent.be<mailto:steven.maere@psb.vib-ugent.be>>, Peter Tompa <peter.tompa(a)vib-vub.be<mailto:peter.tompa@vib-vub.be>>, Jurgen Del-Favero <jurgen.delfavero(a)molgen.vib-ua.be<mailto:jurgen.delfavero@molgen.vib-ua.be>>, Jeroen Raes <jeroen.raes(a)vib-kuleuven.be<mailto:jeroen.raes@vib-kuleuven.be>>, Frederic Rousseau <frederic.rousseau(a)switch.vib-kuleuven.be<mailto:frederic.rousseau@switch.vib-kuleuven.be>>, Joost Schymkowitz <joost.schymkowitz(a)switch.vib-kuleuven.be<mailto:joost.schymkowitz@switch.vib-kuleuven.be>>, Joost Schymkowitz <joost.schymkowitz(a)switch.vib-kuleuven.be<mailto:joost.schymkowitz@switch.vib-kuleuven.be>>, Yves Van de Peer <yves.vandepeer(a)psb.vib-ugent.be<mailto:yves.vandepeer@psb.vib-ugent.be>>, Kevin Verstrepen <Kevin.Verstrepen(a)biw.vib-kuleuven.be<mailto:Kevin.Verstrepen@biw.vib-kuleuven.be>> Dear colleagues, Please find below an invitation from the Hercules foundation on the Next generation supercomputing in Flanders. Please feel free to distribute in your network. Best regards, Alex From: Caroline Volckaert [mailto:Caroline.Volckaert@herculesstichting.be] Sent: maandag 15 december 2014 15:43 To: Jo Bury | VIB | Cc: Katrina Wright | VIB |; Sooike Stoops | VIB | Subject: Next generation supercomputing in Flanders: value creation for your business ! Geachte heer, Met de “Industry Day” organiseert het VSC (Vlaams Supercomputercentrum) voor het eerst een evenement waar bedrijven informatie krijgen over het potentieel van het gebruik van supercomputing voor hun bedrijf, aangevuld met hoe de VSC supercomputing infrastructuur te gebruiken. We zijn erin geslaagd een boeiend programma samen te stellen met sprekers uit enerzijds buitenlandse supercomputercentra die getuigen over hun ervaring met industriële partners en anderzijds enkele Vlaamse bedrijven die reeds de opportuniteiten van supercomputing ontdekten! Deelname is gratis mits registratie vóór 16 januari 2015 op www.vscentrum.be<http://www.vscentrum.be/> U bent van harte welkom ! Graag hadden wij op u een beroep gedaan om dit event zo breed mogelijk aan te kondigen. Mogen wij daarom vragen deze uitnodiging binnen uw organisatie te verspreiden? Mocht u meer informatie wensen, aarzel niet ons te contacteren hierover. Alvast hartelijk dank voor uw medewerking. Met vriendelijke groeten Caroline Volckaert stafmedewerker Tel ++ 32 (0)2 212 94 05 caroline.volckaert(a)herculesstichting.be<mailto:caroline.volckaert@herculesstichting.be> www.herculesstichting.be<http://www.herculesstichting.be/>

1 0

vacature Centrum vor Medische Genetica Gent: junior software developer
by Björn Menten 12 Dec '14

12 Dec '14

Junior Software Developer: analyse van Next Generation Sequencing data binnen de genetische diagnostiek Werkomgeving Het Centrum voor Medische Genetica Gent (CMGG) is verantwoordelijk voor het opsporen en diagnosticeren van genetische afwijkingen bij kinderen, volwassenen alsook in prenatale context. Wij zijn op zoek naar een software developer die ons bioinformatica-team kan versterken. U zal instaan voor de ontwikkeling van webinterfaces voor de analyse van genetische data en het beheer van genetische data gegenereerd door onze sequencing faciliteit. Werkzaamheden Als (bio-)informaticus zijn je voornaamste taken: • Ontwikkelen en beheren van webapplicaties voor de analyse van genetische data • Ontwikkeling en implementatie van (bestaande) algoritmes voor data analyse van next generation sequencing data • Het runnen van verschillende diagnostische pipelines/flows • Managen (backuppen, activeren) van de data die door de sequencing faciliteit gegenereerd wordt Jouw profiel Wij zoeken een informaticus die de volgende kennis en ervaring met zich meebrengt: • Bachelor in de (toegepaste) informatica of bioinformatica of equivalent door ervaring • Programmeer ervaring met Python, Perl of andere scripting taal • Vertrouwt zijn met een linux/unix ontwikkelingsomgeving • Ervaring met JavaScript, HTML en CSS • Kennis, ervaring en/of interesse in user interface design • Werkervaring in web application development • Ervaring in de genetica is niet nodig, interesse hierin is echter wenselijk • Je neemt initiatief, bent analytisch, stressbestendig en inventief • Je werkt goed in groep • Goede kennis van Nederlands en Engels Interesse? Wil je meer informatie over de functie dan kun je contact opnemen met Björn Menten, via telefoonnummer: +32 (0)9 3325284 of email: bjorn.menten(a)ugent.be<mailto:bjorn.menten@ugent.be> www.cmgg.be<http://www.cmgg.be>

1 0

Invitation to the 2015 GIGA Day
by Marilou Ramos Pamplona 11 Dec '14

11 Dec '14

Dear BBC colleagues, We cordially invite you to the 2015 GIGA Day symposium entitled "Current Advances in Medical Genetics and Genomics," which will take place on 27 January 2015, Tuesday, 09h00-17h00 at the Amphis Europe of the University of Liège. Invited speakers: Peter Fraser (Babraham Institute, Cambridge), Bart de Strooper (VIB, KU Leuven), Miikka Vikkula (de Duve Institute, UC Louvain), Jeroen Raes (VIB, KU Leuven), Nicola Pirastu (University of Trieste, Italy) and Matthew Robinson (University of Queensland, Australia) Information on the PROGRAM, REGISTRATION, ABSTRACT SUBMISSION (Deadline: 31 December) : www.giga.ulg.ac.be/jcms/c_2068318/fr/giga-day-2015 We look forward to meeting you in Liège in January! Sincerely, The 2015 GIGA Day Organizing Committee Prof Michel GEORGES, Coordinating scientist

1 0

N2N RNA-sequencing mini-symposium on Jan 14, 2015 in Ghent.
by Katrijn Vannerum 10 Dec '14

10 Dec '14

Dear, The N2N Vandesompele lab organises a RNA-sequencing mini-symposium on Jan 14, 2015 in Ghent. Registration open. Abstracts will be added soon. vandesompelelab.ugent.be/rna_seq/<http://vandesompelelab.ugent.be/rna_seq/> You're kindly invited. Katrijn Vannerum Project manager N2N (From Nucleotides to Networks) Multidisciplinary Research Partnership Bioinformatics and Systems Biology Ghent University http://www.nucleotides2networks.be/ twitter: @N2N_UGent Katrijn.Vannerum(a)UGent.be<mailto:Katrijn.Vannerum@UGent.be> Technologiepark 927 9052 Gent, Belgium +32 (0)9 331 36 85 [cid:image001.png@01D0146B.B92C0370]

1 0