Séminaire CIP, vendredi 11 janvier, 10H30, local 1.75 (B6c) BioBIKE, un environnement bioinformatique intégré et accessible par le Web pour l’analyse comparative de génomes Arnaud Taton, Jonny Casey, JP Massar, Bogdan Mihai, John Myers, Nihar Sheth, Mark Slupesky, Mike Travers, Peter Seibel, Jeff Shrager & Jeff Elhai Center for the Study of Biological Complexity, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA Ces dernières années, les biologistes ont été confrontés à une quantité trop importante de données. Cette masse de données génomiques, protéomiques et autres données expérimentales est précieuse, mais la convertir en connaissance requiert une intervention humaine. Ce processus peut être facilité mais non automatisé. BioBIKE (Biological Integrated Knowledge Environment) est un outil pour rassembler les données intéressant les biologistes et analyser ces données de manière nouvelle et créative. BioBIKE comprend une base de données pour un groupe homogène d’organismes (ex. bactéries photosynthétiques, virus) et un environnement de programmation. Il connaît les concepts communs de biologie moléculaire (e.g. “traduction” et “orthologues”), il offre une interface commune pour plusieurs outils bioinformatiques (ex. RNAz, MEME et PHYLIP) et peut combiner l’analyse de génomes avec des données de microarrays, les domaines Pfam, les cycles métaboliques et d’autres informations disponibles à partir de diverses ressources (ex. KEGG et GenBank). Accessible via le Web et inclus dans une interface graphique, BioBIKE a la flexibilité et le potentiel d’un langage de programmation (ex. pour effectuer des tâches répétitives et créer de nouveaux outils) mais permet aux biologistes sans expérience en programmation de programmer l’ordinateur pour réaliser des analyses suggérées par le problème. Plusieurs instances BioBIKE sont publiquement opérationnelles pour les Streptococci, les virus, les bactéries photosynthétiques. Les cyanobactéries feront l’objet de ce séminaire. *************************************************************************************************** CIP ( <http://www.ulg.ac.be/cingprot/>http://www.cip.ulg.ac.be<http://www.ulg.ac.be/cingprot/>/) Institute of Chemistry Sart Tilman B6 University of Liège B-4000 Liège, Belgium Tel: 32 4 366 38 56 / 33 87 Fax: 32 4 366 33 64 !!!!Visit the website of Micromat, MIDI-CHIP, LAQUAN, B-BLOOMS, AMBIO: <http://www.nerc-bas.ac.uk/public/mlsd/micromat/>www<http://www.nerc-bas.ac.uk/public/mlsd/micromat/>.nerc-bas.ac.uk/public/mlsd/micromat/ , http://www.cip.ulg.ac.be/midichip/ www.LAQUAN.UGent.be, www.bblooms.ulg.ac.be, www.ambio.ulg.ac.be Eager to eat cyanobacteria in space? look at http://ecls.esa.int/ecls/?p=melissa Belgian polar research cluster BE-POLES : http://www.belspo.be/belspo/BePoles/index_en.stm *****************************************************************************************************