Permanent position of Scientist in Modelling and Systems biology at Gencovery
Permanent position of Scientist in Modelling and Systems biology * Company: Gencovery SAS * Website: https://gencovery.com * Starting date: Sept 2022 * Contact: D. A. Ouattara, douattara@gencovery.com<mailto:douattara@gencovery.com> Description of the company GENCOVERY is a software company based in Lyon (France) which develops a collaborative AI software to accelerate bioengineering and bioproduction processes of biotechnology and pharmaceutical companies. The developments of the company are focused on two axes: * - a collection of algorithms for the construction and simulation of cell metabolic models, and * - a collaborative software suite, ConstellabTM, designed to handle complex omics data and analytical pipelines. Generated in silico models, called digital twins of cell metabolism, can be used to simulate experiments, and assess biological hypothesis, thereby significantly shortening time and cost of in vivo and in vitro experiments. The company is looking today for a talented scientist in systems biology and cell metabolism modelling to develop and manage its modeling pipelines. Required qualifications * You have a PhD in systems biology and/or bioinformatics * You have a strong expertise in the modelling of cell metabolism, modelling of the metabolism of microbial communities (e.g. whole-genome metabolic modelling, metabolic network reconstruction, flux balance/variability analysis, cell metabolic interactions, keystone species analysis, etc.). Gencovery, SAS – 47 Boulevard du 11 Novembre 1918, 69100 Villeurbanne, https://gencovery.com Connecting people through innovation [page2image38214352] * You have a good experience in the analysis of omics data (e.g. genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics data). * You have a good experience on standard bioinformatics tools and databases: o Python, R, Jupyter lab, o Biopython, Scikit-learn, Pandas, o Reference Fluxomics / FBA toolboxes (e.g. OpenCobra) o NCBI databases, EMBL-EBI databases, Kegg, BioCyc, etc. o BioModels, BiGG, Agora databases, etc. Missions * You will be in charge of developing the in-house bioinformatics and modeling pipelines that will feed our portfolio of analytics methods. * You will be accountable of the execution and delivery of the bioinformatics analyses to our clients (data integration and curation, modelling and simulation, reporting). * Your will be in charge of the supervision of bioinformaticians and students. Working place Gencovery technologies are designed for collaborative remote work. This is important for next-generation research and development with the COVID-19 pandemic. Gencovery has therefore decided to encourage and develop remote work for its own employees. The recruited candidate must be autonomous and committed to quality reporting. She/He will have the opportunity to be based outside Lyon during the first 3 months but is expected to move to Lyon after. Closing application date: 31 Aug. 2022 Position type: Permanent position Salary: Attractive with career evolution opportunities To apply for this position, please send a resume and cover letter to: douattara@gencovery.com<mailto:douattara@gencovery.com>
*DATABASE MANAGER * _*DESCRIPTION DE L'EMPLOYEUR*_ En tant que partenaire du monde académique et industriel, le consortium "Belgian Coordinated Collections of Microorganisms <https://bccm.belspo.be>" (BCCM) offre des solutions qualitatives dans le domaine du matériel microbiologique (souches de bactéries, mycobactéries, cyanobactéries, microalgues, champignons) et génétique (plasmides). BCCM est aussi le nœud belge de l’infrastructure de recherche européenne ‘Microbial Resource Research Infrastructure’ (www.mirri.org). La préservation de la biodiversité est au cœur de notre mission. BCCM est coordonnéet financé par BelSPO (Politique scientifique fédérale). Ses 7 collections, hébergées dans 5 universités et instituts de recherche différents, font le lien avec l'industrie biotechnologique par le biais d'une communication ouverte et d'un partage des connaissances, dans un esprit de complémentarité. Afin d'élargir cette expertise spécifique et ce service aux différents domaines de l'industrie biotechnologique, ULiège <https://uliege.be>recherche un collaborateur pour une fonction de « Database manager » au sein de BCCM. ___*DESCRIPTION DE FONCTION*_ Le « Database manager » interagit avec les collections et contribue à la réalisation de la stratégie commune du consortium BCCM dans le domaine de l'informatique et de la gestion des données concernant le matériel microbiologique et génétique. En tant que « Database manager » vous êtes responsable : __· - De l'amélioration et la mise en œuvre de (nouvelles) fonctionnalités pour le LIMS (Laboratory Information Management System) et pour le site web du consortium BCCM ; · - Du maintien et de l’intégration d'autres bases de données (internes et externes). *DIPLÔME OU NIVEAU D'ENSEIGNEMENT* Bachelier en informatique ou équivalent par l'expérience. *EXPÉRIENCE* Minimum 2 ans d'expérience dans le domaine de la gestion des bases de données. * COMPÉTENCES TECHNIQUES* 1._Bases de données_ Pouvoir travailler avec des bases de données SQL (Oracle, PostgreSQL, MySQL, …). 2._Langages de programmation_ Pouvoir travailler avec HTML/CSS et des langages de programmation tels que JavaScript, PHP, Python, etc. 3._Migration de données : « Extract, Transform and Load (ETL) »_ Être capable d'organiser une migration de données c’est-à-dire pouvoir extraire des données (d’une source quelconque), les transformer et les charger (Extract-Transform-Load ou ETL) dans un nouveau système de gestion des données. 4._Langues_ Maitrise d’une des langues nationales et de l’Anglais. * COMPÉTENCES PERSONNELLES* Fiabilité, esprit d’analyse, esprit d’équipe, capacité dans la résolution de problèmes, créativité, souci de perfectionnement. ___*NOTRE OFFRE*_ · - Un contrat à durée déterminée (3 ans, possibilité de prolongation) ; ·- Un salaire et des avantages (incluant titres-repas, plan de pension complémentaire) suivant les barèmes officiels et la possibilité de valoriser l’entièreté de l’ancienneté acquise dans le secteur public (à temps plein) et jusqu’à 6 ans d’ancienneté (en lien avec la fonction) dans le secteur privé, moyennant une attestation · - Un environnement de travail passionné, dynamique et enthousiaste ; · - Un travail varié et riche en défis. *DÉROULEMENT DE LA PROCÉDURE* ·Une première sélection sera effectuée sur base du CV le 08/09. Un entretien départagera les personnes sélectionnées entre le 12 et 23/09. Au cours de l’entretien, le candidat devra notamment répondre à un questionnaire permettant d’évaluer les compétences techniques (un temps de préparation sera accordé). *RENSEIGNEMENTS COMPLÉMENTAIRES* ·Informations concernant le consortium BCCM : Vincent Van De Perre, vincent.vandeperre@belspo.be <mailto:vincent.vandeperre@belspo.be> ·Informations concernant ULiège : Annick Wilmotte, awillmotte@uliege.be <mailto:awillmotte@uliege.be> *COMMENT POSTULER ?* Les candidatures (lettre de motivation et CV détaillé avec les noms de 2 personnes de référence si possible) seront envoyées à awilmotte@uliege.be <mailto:awilmotte@uliege.be>pour le *1^er septembre 2022*. Date de parution : 10/08/2022
*DATABASE MANAGER * ***BESCHRIJVING VAN DE WERKGEVER* Als partner voor de academische en industriële wereld, reikt het consortium "Belgian Coordinated Collections of Microorganisms <https://bccm.belspo.be>"(BCCM) kwalitatieve oplossingen aan op het vlak van microbiologisch (bacterien, mycobacterien, cyanobacterien, microalgen, schimmels) en genetisch (plasmides) materiaal. BCCM is ook de Belgische ‘node’ van de Europese onderzoeksinfrastruktuur ‘‘Microbial Resource Research Infrastructure’ (www.mirri.org). Het behoud van de biodiversiteit staat centraal in onze missie. BCCM wordt gecoördineerd en gefinancierd door BelSPO <https://www.belspo.be>(Federaal Wetenschapsbeleid). De 7 collecties, gehuisvest in 5 verschillende universiteiten en onderzoeksinstellingen, maken de brug naar de biotechnologie-industrie, via een open communicatie en kennisdeling, en met oog voor complementariteit. Om deze specifieke expertise en dienstverlening naar de verschillende domeinen van de biotech-industriete begeleiden, zoekt ULiège <https://uliege.be> voor BCCM een medewerker voor de functie « Database manager ». *FUNCTIEBESCHRIJVING* De « Database manager »werkt samen met de collecties en draagt bij aan de realisatie van de gemeenschappelijke strategie van het BCCM-consortium op het domein van IT en gegevensbeheer betreffend de microbiologisch en genetisch materiaal. De BCCM-database manager staat in voor: __· - het verbeteren en implementeren van de (nieuwe) functionaliteiten van het bestaande LIMS en website van het BCCM consortium; · - het onderhouden en integreren van andere interne en externe databanken. *Diploma of onderwijsniveau*** Bachelor informatica of gelijkwaardig door ervaring. *Ervaring*** Minimum 2 jaar ervaring met het ontwerpen en beheren van databanken. *Technische VAARDIGHEDEN* _1. Databanken _ Kunnen werken met databanken in SQL (Oracle, PostgreSQL, MySQL, …). _2. (Programmeer)talen _ Kunnen werken met HTML/CSS en programeertalen zoals JavaScript, PHP, Python, etc. _3. Migratie van gegevens: __« Extractie, Transformatie en Laden (ETL)__ »_ De migratie van gegevens kunnen organiseren: dit wil zeggen gegevens extraheren (uit elke bron), transformeren en laden (ETL) in een nieuw informatiebeheersysteem. _4. Talen _ Beheersing van een van de landstalen en van het Engels. *Persoonlijke vaardigheden* Betrouwbaarheid, analytische geest, in team werken, probleemoplossend denken, creativiteit, streven naar verbetering. *ONS AANBOD* ·Een arbeidsovereenkomst van bepaalde duur (3 jaar, mogelijkheid tot verlenging); ·Verloning en voordelen (incl maaltijdcheques, aanvullend pensioenplan) volgens de officiele barema’s en de mogelijkheid om de volledige anciënniteit verworven in de publieke sector (voltijds) en tot 6 jaar anciënniteit (gerelateerd aan de functie) in de particuliere sector te waarderen, onder voorbehoud van een certificaat. ·Een gedreven, dynamische en enthousiaste werkomgeving; ·Een job vol variatie en uitdaging. *SELECTIEPROCEDURE* ·Een eerste selectie zal worden gemaakt op basis van het CV tegen de 08/09 ·Er zal een gesprek plaatsvinden met de geselecteerde kandidaten tussen de 12 en 23/09. Tijdens dit gesprek zal de kandidaat onder andere een vragenlijst dienen te beantwoorden om de technische vaardigheden te beoordelen (met voorbereidingstijd). *BIJKOMENDE INLICHTINGEN* ·Info over het BCCM-consortium : Vincent Van De Perre, vincent.vandeperre@belspo.be <mailto:vincent.vandeperre@belspo.be> ·Info over Uliège : Annick Wilmotte, awilmotte@uliege.be <mailto:awilmotte@uliege.be> *HOE SOLLICITEREN* De kandidaturen (gemotiveerde sollicitatiebrief met uitgebreid CV) dienen verstuurd te worden naar awilmotte@uliege.be <mailto:awilmotte@uliege.be> bij voorkeur voor *1 september 2022*.
participants (2)
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Annick Wilmotte -
Karoline Faust