December 2018 - BBClist - maillist.psb.ugent.be

Professor/Lector Data Science for Life Science & Health
by Noback MA, Michiel 17 Dec '18

17 Dec '18

Dear all, a position as Lector (Professor of Applied Science) is available at the Hanze University of Applied Science in Groningen: https://noorderlink.nl/participanten/hanzehogeschool-groningen/20022-02S000… You are welcome to distribute it within your network. Met vriendelijke groeten, with kind regards, Michiel Noback Dr. M.A. Noback | Bioinformatics Senior Lecturer Institute for Life Science & Technology | Hanze University of Applied Sciences Phone +31-50-595 4691<mailto:+31-50-595%204691> | E-mail m.a.noback(a)pl.hanze.nl<mailto:m.a.noback@pl.hanze.nl> Room H1.90 (via H1.88) | Van Doorenveste

1 0

Vacancies in EBI training team
by Alexander Botzki 14 Dec '18

14 Dec '18

On behalf of Sarah Morgan Dear All, Please could you help in advertising two vacancies I currently have open within my team at EMBL-EBI for scientific training officers, by sending out to your networks? The two positions are: Post 1 Scientific training officer, e-learning - working with trainers from across EMBL-EBI to develop courses for our online training portal, Train online and developing and running our webinar series, In addition there will be some face to face course organisation, though the focus is on online training. This is a 3 year post in the first instance. For more details see: https://www.embl.de/jobs/searchjobs/index.php?ref=EBI01309 Post 2 Scientific training officer - we are specifically looking for someone with experience of single-cell RNA seq experience - either lab or analysis (or both!) to work on a project funded by the MRC to develop and deliver training for the Developmental Cell Atlas, part of the the Human Cell Atlas. This will be a mix of face to face and online training and the successful person will work closely with funded MRC groups that are generating data to be submitted to the HCA. For more details see: https://www.embl.de/jobs/searchjobs/index.php?ref=EBI01329 Thank you! Best wishes Sarah ________________________________ Dr Sarah Morgan Scientific Training Coordinator EMBL-European Bioinformatics Institute Wellcome Trust Genome Campus Hinxton Cambridge CB10 1SD UK email: sarahm(a)ebi.ac.uk

1 0

FW: vacature Bio-informaticus ILVO
by Alexander Botzki 14 Dec '18

14 Dec '18

Contractuele functie Bio-informaticus Vacaturenummer EV/2018/037/Plant39 Werkgever Eigen Vermogen van het Instituut voor Landbouw-, Visserij-, en Voedingsonderzoek (ILVO Own Capital) Eenheid Plant Graad Wetenschappelijk attaché Salarisschaal A165 (of A166 - afhankelijk van je diploma) Plaats van tewerkstelling Caritasstraat 39, 9090 Melle Context Algemeen ILVO is een multidisciplinaire onderzoeksinstelling met focus op de ondersteuning van duurzame landbouw, tuinbouw, visserij en voedingsonderzoek. Het bestaat uit 4 eenheden (Plant, Dier, Technologie en Voeding en Landbouw en Maatschappij) en stelt ca. 600 personen tewerk, waarvan 265 onderzoekers. Ongeveer 35% van de personeelsleden werkt voor de Vlaamse overheid; het overige personeel is tewerkgesteld bij het Eigen Vermogen van ILVO op basis van project- en contractonderzoek. Specifiek Het ILVO Genomics Platform is een eenheid-overschrijdend platform waarin de expertise rond genomics onderzoek gebundeld wordt. Onderzoekers kunnen daar terecht voor advies en ondersteuning op vlak van experimentele en computationele methoden in het kader van project onderzoek. Wegens de sterke groei in het genomics onderzoek op ILVO wensen we een Bio-informatica Cel op te richten bestaande uit twee senior ILVO-onderzoekers, die voor een deel van hun tijd aan dit team zullen bijdragen, en te versterken met een derde aan te werven persoon via deze vacature. De onderzoekstopics zijn erg gevarieerd, wat de functie uitdagend, maar ook zeer boeiend maakt. Enkele voorbeelden van genomics onderzoek op ILVO in bredere project kaders: * ontwikkelen van genetische merkers (bv. SNPs) voor kwantitatieve genetica, populatie genetica en plantenveredeling, via bv. genotyping-by-sequencing of multiplex amplicon sequencing * genoomassembly en -annotatie (bv. raaigras, roos, pathogenen) * verwantschapsanalyse via genotyping-by-sequencing of multilocus sequence typing (bv. plant pathogene schimmels en voedselpathogenen) * transcriptoom analyse via RNA-seq (bv. differentiële expressie, detectie van plantenvirussen) * high-throughput analyse van CRISPR-cas genome editing events * Metabarcoding/amplicon sequencing voor taxonomische identificatie van complexe gemeenschappen (bv. bacteriën, schimmels, nematoden, vissen, macrobenthos) in allerlei omgevingen (bv. bodem, voedingsproducten, rivieren, zeebodem, rumen, darm) * metagenomics (bv. opsporen antibioticaresistentiegenen in darmmicrobioom van nutsdieren) Jouw taken Als bio-informaticus van de ILVO Bio-informatica Cel word je enerzijds ingezet in projectonderzoek, en anderzijds in algemene taken om het Genomics Platform verder te consolideren. Projectonderzoek komt tot stand door specifieke vragen van ILVO onderzoekers aan de Bio-informatica Cel. Afhankelijk van de expertises van de teamleden wordt het project aan één of meerdere teamleden toegewezen. Voor projecten die jou worden toegewezen word je geacht om zelfstandig een data-analyse pipeline te ontwikkelen op basis van je ervaring en uitgebreid literatuuronderzoek. Vervolgens identificeer en test je verschillende softwarepakketten, en bouw je een vraag-gerichte en geautomatiseerde pipeline voor het verwerken van de data. De ontwikkelde data-analyse pipeline dien je daarna uitgebreid toe te lichten en te optimaliseren via feedback van je teamleden en van de betrokken onderzoekers. Finaal draag je de opgestelde pipeline zoveel mogelijk over aan de betrokken onderzoekers via één-op-één trainingen. Je blijft de opgestelde pipeline onderhouden en support bieden aan de onderzoekers die deze gebruiken. Je ondersteunt de onderzoeker eveneens in de bio-informatica gerelateerde interpretatie en rapportering van projectresultaten (project rapporten, publicaties, etc.). Daarnaast word je samen met je directe collega's ingezet in de verdere uitbouw van het Genomics Platform. Dit omvat zowel administratieve taken (bv. beheer van centrale scripts repository, software, genomics server, etc.) als communicatieve taken (organiseren trainingen en studiedagen voor en door de gebruikers, communicatie tussen gebruikers stimuleren, etc.). Wat verwachten we? * Je hebt een master bio-informatica met enige jaren ervaring of je hebt een doctoraatsdiploma bio-informatica, bio-ingenieurswetenschappen, wetenschappen, diergeneeskunde, of gelijkwaardig door ervaring. * Je kan bio-informatica pipelines bouwen in een Linux-gebaseerde omgeving. * Je kan vlot programmeren in één of meerdere programmeertalen courant gebruikt in bio-informatica (bv. Python, Perl, R). * Je hebt ervaring met minstens één van de volgende toepassingen: whole genome sequencing, transcriptomics, genotyping-by-sequencing, MLST, genoomassembly en -annotatie, variant calling, metagenomics, metatranscriptomics, metabarcoding of amplicon sequencing, phylogenomics. * Je kan vlot Engels spreken en schrijven. Pluspunten: * Je hebt affiniteit met de landbouw- en voedingssector in een brede zin. * Je hebt ervaring met het schrijven van onderzoeksrapporten en/of publicaties. * Je hebt ervaring met Linux systeemadministratie. * Je hebt ervaring met trainingen organiseren. Onze ideale kandidaat .... * is een multi-tasker die snel kan wisselen tussen verschillende projecten omtrent diverse thema's * is communicatief sterk en in staat om opgebouwde kennis over te dragen aan collega's met verschillende achtergrond/ervaring en kan dus moeilijke materie op een eenvoudige en gestructureerde manier uitleggen * is enthousiast, dynamisch en gemotiveerd * kan autonoom werken én in teamverband * is leergierig en efficiënt * is proactief en werkt probleemoplossend * is stipt en goed georganiseerd Wat bieden we? We bieden je een voltijds contract van onbepaalde duur met een competitief salaris o.b.v. je diploma. Je zal aangeworven worden in de salarisschaal A165 (of A166). Indien het je interesseert, kan je zelf via https://www.vlaanderen.be/nl/vlaamse-overheid/werken-bij-de-vlaamse-overhei… een bruto en netto berekening maken van je maandsalaris, je vakantiegeld en je eindejaarstoelage. Relevante ervaring kan in aanmerking genomen worden bij het bepalen van de geldelijke anciënniteit. Bijkomend: hospitalisatieverzekering, vergoeding woon-werkverkeer (fiets - openbaar vervoer), maaltijdcheques en 35 vakantiedagen. Hoe solliciteren? Om te solliciteren stuur je een motivatiebrief samen met je uitgebreid CV naar tom.ruttink(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:tom.ruttink@ilvo.vlaanderen.be> en marc.heyndrickx(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:marc.heyndrickx@ilvo.vlaanderen.be> met in het onderwerp vermelding van vacature Bio-informatica (vacaturenummer EV/2018/037/Plant39), en dit voor uiterlijk donderdag 31 januari 2019. Geschikt bevonden kandidaten (op basis van CV screening) worden uitgenodigd voor een interview op vrijdag 8 februari 2019 (datum onder voorbehoud). Voor meer info kan je terecht bij Inhoudelijk: Tom Ruttink, senior scientist genomics, eenheid Plant via tel. 09 272 28 78 of via e-mail naar tom.ruttink(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:tom.ruttink@ilvo.vlaanderen.be>. Arbeidsvoorwaarden: Sven Van wettere, HR BP - Centrale Diensten, via 09 272 25 10 of via e-mail naar sven.vanwettere(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:sven.vanwettere@ilvo.vlaanderen.be>.

1 0

vacature Bio-informaticus ILVO
by Tom Ruttink 14 Dec '18

14 Dec '18

Beste collega, Bij ILVO hebben we een vacature <https://www.ilvo.vlaanderen.be/language/nl-BE/NL/Werken-bij-ILVO/Bio-inform…> opengesteld voor een Bio-informaticus. Mag Ik U vragen om deze zo breed mogelijk te verspreiden in Uw netwerk? Alvast bedankt, met vriendelijke groeten, Tom Ruttink Senior Scientist Genomics ILVO Instituut voor Landbouw-, Visserij- en Voedingsonderzoek Flanders research Institute for Agriculture, Fisheries and Food Eenheid Plant | Plant Sciences Unit Caritasstraat 39 9090 Melle (Belgium) T +32 9 272 28 78 tom.ruttink(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:tom.ruttink@ilvo.vlaanderen.be> www.ilvo.vlaanderen.be<http://www.ilvo.vlaanderen.be/> www.ilvogenomics.be<http://www.ilvogenomics.be/> [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/Twitter.jpg]<https://twitter.com/ILVOvlaanderen> [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/FB.jpg?ver=201…] <http://www.facebook.com/instituutvoorlandbouwenvisserijonderzoek> [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/LinkedIn.jpg] <https://www.linkedin.com/company/ilvo> /////////////////////////////////////////////// [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/Leeuw.jpg]

1 0

Scientific programmer
by Patrick Deelen 14 Dec '18

14 Dec '18

https://www.rug.nl/research/genetics/jobvacancies/vacancy_scientific_progra… Organization The department of Genetics is part of the University Medical Center Groningen (UMCG) and is involved in the research of multiple complex diseases. We have contributed to the identification of genetic variants that cause type 1 diabetes, rheumatoid arthritis, celiac disease, ulcerative colitis and Crohn's disease. We are currently looking for a scientific programmer in the research group of prof. dr. Lude Franke (www.ludesign.nl/frankelab) This position has become available because the current scientific programmer will continue as a PhD-student. Our group is a young, dynamic and international bio-informatics group of 5 PhD-students and 4 postdocs. We are currently concentrating on 1) integrating multi-omics datasets to identify likely causal genes for diseases that might be targetable by drugs, 2) helping to develop computational strategies to increase the diagnostic yield in clinical genetics, and 3) contributing to the development of personalized medicine by performing large-scale genome-wide association studies on drug use and by implementing (pharmaco)genetic passports in the general population. We feel passionate about gaining new scientific insight by reinterpreting large datasets. Key themes in our lab are data visualization, statistical modelling, big data and data integration. If you want to contribute to science and develop tools to improve healthcare as a programmer, this position is the next step in your career. Job description As a scientific programmer you will be primarily responsible for making the work of our group publicly available through dedicated websites (e.g. www.genenetwork.nl, www.eqtlgen.org) Furthermore, you will contribute to data-analysis on projects throughout the group. Therefore you will work closely with all members of the team, depending on the needs within the projects. Your work may result in co-authorships on scientific papers for these projects and may potentially provide the basis for obtaining a PhD degree. Occasionally you will collaborate with colleagues from other research groups within the department and the Genomics Coordination Centre ( www.rug.nl/research/genetics/genomicscoordinationcentre/ <https://www.rug.nl/research/genetics/jobvacancies/www.rug.nl/research/genet…> ). Responsibilities - Developing and maintaining our groups' publicly available websites - Developing software tools for data-analysis - Automating data-analysis (on our private HPC cluster) Requirements - BSc/MSc degree in (bio-)informatics or equivalent - Proficiency in Java and R is essential - Experience with front-end web development (HTML, JavaScript) is essential - Experience with React framework, Python, Bash is a plus - Fluent in English What we offer We offer a two year temporary contract with a salary based on your experience, with a minimum of €3,020.53 up to a maximum of € 3,969.18 per month, for a fulltime position (36 hours/week). The UMCG also offers an 8% holiday bonus and an 8.3% end-of-year bonus. The employment conditions are in accordance with the CAO Universitair Medische Centra (CAO-UMC). Contact information Prof. dr. Lude Franke Department of Genetics, 5th floor European Research Institute for the Biology of Ageing (ERIBA) Antonius Deusinglaan 1 9713 AV Groningen The Netherlands lude(a)ludesign.nl

1 0

Bioinformatician single cell genomics at Princess Maxima Center for Pediatric Oncology
by Patrick Kemmeren 14 Dec '18

14 Dec '18

Dear all, Within the Princess Maxima Center for Pediatric Oncology, we currently have an open position for a bioinformatician within our single cell genomics program! For more information see: https://ubc.uu.nl/community/jobs-and-internships/ or contact Prof. Frank Holstege: f.c.p.holstege(a)prinsesmaximacentrum.nl Regards, Patrick -- Patrick Kemmeren, PhD Principal Investigator T +31 (0)88 972 90 00 | M +31 (0)6 53 11 25 53 Princess Maxima Center * * *Princess Máxima Center for Pediatric Oncology* **Heidelberglaan 25 | 3584 CS Utrecht | T +31 (0)88 972 90 00 |***> Website* <https://research.prinsesmaximacentrum.nl/en/research-groups/kemmeren-group>

1 0

Postdoc position on Computational Biology of Bladder Cancer Genomics, Erasmus MC Rotterdam the Netherlands
by Harmen van de Werken 13 Dec '18

13 Dec '18

Dear all, If your are interested in a challenging Post-Doc position in Computational Biology, Bioinformatics and Bladder Cancer please apply to our vacant position. https://www.werkenbijerasmusmc.nl/en/vacancy/23002/postdoc-computational-bi… Regards, Harmen van de Werken

1 0

Please nominate training topics for GCC2019 by Dec 31
by Alexander Botzki 12 Dec '18

12 Dec '18

Hi All, - on behalf of Björn - The *2019 Galaxy Community Conference (GCC2019)* https://galaxyproject.org/events/gcc2019/ will be held in be held in *Freiburg, Germany, 1-6 July*. Like previous Galaxy Community Conferences https://galaxyproject.org/gcc/, GCC2019 will feature invited keynotes, accepted talks, posters, demos, birds-of-a-feather gatherings and *training*. The format of GCC2019 will be a bit different than the previous years: it starts with 1 day of training and then 3 days with more specialized training sessions aligned with talks. /You can read more about the new format on the conference FAQ https://galaxyproject.org/events/gcc2019/faq/#what-will-be-the-format-for-gc c-in-2019. *The training topics that are offered are determined by /the community/ so /BY YOU! https://docs.google.com/forms/d/1fBPjEmw7Td52rhBnC0SvflnQCD7Ue5IMJ9RkM0SjnYg Please give some thought to what topics you would like to see offered, or that you would like to offer, and then submit them as topic nominations <https://docs.google.com/forms/d/1fBPjEmw7Td52rhBnC0SvflnQCD7Ue5IMJ9RkM0SjnY g/>. Nominated topics can cover a wide range. For example: * Introduction to Using Galaxy * Scientific topic oriented trainings * Community specific trainings * Development and administration around Galaxy * Train the trainers This list only shows some examples. *Any topic of interest to the Galaxy Community can be nominated and you are encouraged to nominate more than one topic.* If you are looking for ideas, see the topic nominated in: 2016 <https://galaxyproject.org/news/2018-12-galaxy-update/bit.ly/gcc2016noms>, 2015 <https://galaxyproject.org/news/2018-12-galaxy-update/bit.ly/gcc2015vote>, 2014 <https://galaxyproject.org/news/2018-12-galaxy-update/bit.ly/1s6NtMN>, 2013 <https://galaxyproject.org/news/2018-12-galaxy-update/bit.ly/1i2j1gN> and the Galaxy Events page <https://galaxyproject.org/news/2018-12-galaxy-update/galaxyproject.org/even ts/>. Training nomination is open from *December, 1st* to *December, 31*. Topics will be compiled into a uniform list by the GCC2019 Organizing Committee, and topics will be voted on by the Galaxy Community from *January, 15th* to *January, 31st*. Cheers, Bjoern You are on this mailing list because you registered to join an ELIXIR group, and this is one of your group's mailing lists. Please note that when you join a 'child' group then you automatically become a member of the 'parent' group, and its mailing list. For example, if you joined the Bioschemas group, then you also become part of the parent group (Interoperability in this case) and its mailing list. TO UNSUBSCRIBE: please email webmaster(a)elixir-europe.org. Put "Galaxy-wg" as the subject and "Unsubscribe" as the body text. To view the groups you belong to, log in to the ELIXIR intranet: https://www.elixir-europe.org/intranet See also the website privacy statement: https://www.elixir-europe.org/legal/privacy Galaxy-wg mailing list Galaxy-wg(a)elixir-europe.org _______________________________________________ Training-coordinators mailing list Training-coordinators(a)elixir-europe.org

1 0

vacature bio-informaticus ILVO
by Karen Goossens 11 Dec '18

11 Dec '18

Vacature in bijlage, Met vriendelijke groeten Karen Goossens [cid:image001.png@01D374D1.0F0A0C60]<http://www.eaap2019.org/> www.eaap2019.org<http://www.eaap2019.org> info(a)eaap2019.org<mailto:info@eaap2019.org> Karen Goossens, PhD Senior Onderzoeker Rundvee ILVO Instituut voor Landbouw-, Visserij- en Voedingsonderzoek Dier - Rundveehouderij Scheldeweg 68 9090 Melle Tel +32 9 272 26 10 Karen.Goossens(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:Karen.Goossens@ilvo.vlaanderen.be> www.ilvo.vlaanderen.be<http://www.ilvo.vlaanderen.be/> /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// [leeuw-naakt-92-is-landbouw-en-visserij-handtekening-70H]

1 0

FW: Call for Tutorials - ISMB/ECCB 2019 in Basel, Switzerland - deadline closing
by Alexander Botzki 11 Dec '18

11 Dec '18

Dear All, - on behalf of Patricia Palagi - Michelle Brazas and I will be organizing the tutorial sessions for ISMB/ECCB 2019 in Basel, Switzerland. There will be 4-6 slots available for tutorial topics of broad interest to attendees of the meeting. Your tutorial submissions, and those of your colleagues, are most welcome. Please visit the ‘Call for Tutorials’ at https://www.iscb.org/ismbeccb2019-submit/tutorials and submit your topic idea, brief description and potential presenters by Monday December 17, 2018. We look forward to another exciting series of tutorials in Basel. Kind regards, Patricia and Michelle ps: (have you already watched SIB, THE MOVIE<https://www.sib.swiss/about-us/news/1154-sib-the-movie-swiss-bioinformatics…> - 2 minutes to see Swiss bioinformatics in action?) -- [Image removed by sender. SIB logo 20th anniversary] Patricia Palagi, PhD SIB Training SIB | Swiss Institute of Bioinformatics Quartier Sorge, Bâtiment Génopode - 1015 Lausanne - Switzerland t +41 21 692 4078 patricia.palagi(a)sib.swiss<mailto:patricia.palagi@sib.swiss> - www.sib.swiss<http://www.sib.swiss> _______________________________________________ Training-coordinators mailing list Training-coordinators(a)elixir-europe.org<mailto:Training-coordinators@elixir-europe.org>

1 0