- BBClist - maillist.psb.ugent.be

Opening: Sr Bioinformatician in one of the largest next-gen sequencing service providers in Europe
by Ali May 27 Dec '18

27 Dec '18

Hello, I am writing to let you know that there's an opening for a very interesting position at BaseClear (Leiden), one of the largest next-generation sequencing service providers in Europe. In short, we are looking for a Sr. Bioinformatician who can run the place and build new services for 1000+ clients. More info at: https://www.baseclear.com/career-jobs/senior-bioinformatician-m-f/ Don't hesitate to apply if you think there might be a fit, or otherwise to share with anyone who may be interested. Best wishes, Ali

1 0

Computational Biologist Single Cell Analysis @Janssen Belgium
by Joke Reumers 26 Dec '18

26 Dec '18

Dear all, We have a job opening (permanent position) for a computational biologist at the Janssen campus in Beerse, Belgium. While the focus of the job will lie heavily on single cell (seq) analysis, application is open with anyone with relevant experience in the context of ‘omics or related areas. Applications can be submitted via: https://jobs.jnj.com/jobs/1805706109W?lang=en-us <https://jobs.jnj.com/jobs/1805706109W?lang=en-us> Please feel free to share to other channels. For more information, please contact me at jreumers(a)its.jnj.com <mailto:jreumers@its.jnj.com> Happy holidays! Joke Reumers

1 0

Edinburgh Biomedical Data Science School
by Van Anh Huynh-Thu 19 Dec '18

19 Dec '18

Dear all We are organising a week-long school on biomedical data science at the MRC Institute of Genetics and Molecular Medicine on March 11-15; details and registration here https://www.ed.ac.uk/igmm/news-and-events/events/latest-events/biomedical-d… <https://www.ed.ac.uk/igmm/news-and-events/events/latest-events/biomedical-d…>. We have a fantastic line-up of lecturers and it should be a great opportunity for students/ postdocs who want to learn about modern machine learning applied to large-scale genomic/ post-genomic data. We are limited to 25 participants by the capacity of the computer room and it will be first-come-first-served. Let me take this opportunity to wish you all a serene festive break and a great 2019. Dr Guido Sanguinetti Professor of Computational Bioinformatics, School of Informatics & SynthSys 10 Crichton St Edinburgh EH8 9AB tel: +44(0)131 6505136 email: gsanguin(a)inf.ed.ac.uk <mailto:gsanguin@inf.ed.ac.uk>

1 0

Post-doc and PhD positions in computational biology in Munich
by Laurent Gatto 19 Dec '18

19 Dec '18

Simon Anders' group is currently seeking computational people to fill three positions (two post-docs, one PhD student), for projects related to developing methods to use single-cell assays in vascular biology and in haematology research: https://www.zmbh.uni-heidelberg.de/anders/open.shtml All three projects have close ties to experimental and clinical research and hence are a great opportunity to get to know all sides of life science research, not only for bioinformaticians but also for computational scientists from other fields.

1 0

2 years post-doc in integrative omics at the Louvain Drug Research Institute
by Laurent Gatto 19 Dec '18

19 Dec '18

Summary: The laboratory of integrated Pharmacometrics, pharmacokinetics and pharmacogenomics (PMGK) at the Louvain Drug Research Institute (LDRI, UCLouvain), is seeking for a post-doctoral researcher focus on integrating multiple types of –omics data (mainly microbiomics, transcriptomics and genomics) to identify biological determinants of drug pharmacokinetics and their interaction in the context of kidney transplantation and immunosuppressive treatments. This project is financed through an Incentive grant for scientific research founded by the Fonds National de la Recherche scientifique (FNRS). Ideally, the candidate will have a strong data science background and knowledge in pharmacokinetic modelling, statistical/bioinformatic methods to integrate multiple biological data types. Details in the attached document. Please contact Laure Elens for additional information - laure.elens(a)uclouvain.be

1 0

Post Doc Position Computational Bladder Cancer Genomics
by Harmen van de Werken 17 Dec '18

17 Dec '18

Dear All , Those who are interested in a challenging post-doc position in Computational Biology, Bioinformatics and Bladder Cancer please apply to our vacant position https://www.werkenbijerasmusmc.nl/en/vacancy/23002/postdoc-computational-bi… and make a huge leap forward in unraveling cancer biology and in your career. Kind regards, Harmen van de Werken -- Harmen van de Werken, Ph.D. Assistant Professor in Computational Biology at Department of Urology & Managing Director Cancer Computational Biology Center (CCBC) both at Erasmus MC P.O. Box 2040, Be-355 3000 CA Rotterdam, the Netherlands Visiting address: Josephine Nefkens Building Dr. Molewaterplein 40, office Be-330a 3015 GD Rotterdam, the Netherlands Tel: +31-10-7044467 (office) Tel: +31-10-7044488 (department) Fax: +31-10-7044661 https://ccbc.erasmusmc.nl/ Email: h.vandewerken(a)erasmusmc.nl Skype: harmen.vandewerken

1 0

Professor/Lector Data Science for Life Science & Health
by Noback MA, Michiel 17 Dec '18

17 Dec '18

Dear all, a position as Lector (Professor of Applied Science) is available at the Hanze University of Applied Science in Groningen: https://noorderlink.nl/participanten/hanzehogeschool-groningen/20022-02S000… You are welcome to distribute it within your network. Met vriendelijke groeten, with kind regards, Michiel Noback Dr. M.A. Noback | Bioinformatics Senior Lecturer Institute for Life Science & Technology | Hanze University of Applied Sciences Phone +31-50-595 4691<mailto:+31-50-595%204691> | E-mail m.a.noback(a)pl.hanze.nl<mailto:m.a.noback@pl.hanze.nl> Room H1.90 (via H1.88) | Van Doorenveste

1 0

Vacancies in EBI training team
by Alexander Botzki 14 Dec '18

14 Dec '18

On behalf of Sarah Morgan Dear All, Please could you help in advertising two vacancies I currently have open within my team at EMBL-EBI for scientific training officers, by sending out to your networks? The two positions are: Post 1 Scientific training officer, e-learning - working with trainers from across EMBL-EBI to develop courses for our online training portal, Train online and developing and running our webinar series, In addition there will be some face to face course organisation, though the focus is on online training. This is a 3 year post in the first instance. For more details see: https://www.embl.de/jobs/searchjobs/index.php?ref=EBI01309 Post 2 Scientific training officer - we are specifically looking for someone with experience of single-cell RNA seq experience - either lab or analysis (or both!) to work on a project funded by the MRC to develop and deliver training for the Developmental Cell Atlas, part of the the Human Cell Atlas. This will be a mix of face to face and online training and the successful person will work closely with funded MRC groups that are generating data to be submitted to the HCA. For more details see: https://www.embl.de/jobs/searchjobs/index.php?ref=EBI01329 Thank you! Best wishes Sarah ________________________________ Dr Sarah Morgan Scientific Training Coordinator EMBL-European Bioinformatics Institute Wellcome Trust Genome Campus Hinxton Cambridge CB10 1SD UK email: sarahm(a)ebi.ac.uk

1 0

FW: vacature Bio-informaticus ILVO
by Alexander Botzki 14 Dec '18

14 Dec '18

Contractuele functie Bio-informaticus Vacaturenummer EV/2018/037/Plant39 Werkgever Eigen Vermogen van het Instituut voor Landbouw-, Visserij-, en Voedingsonderzoek (ILVO Own Capital) Eenheid Plant Graad Wetenschappelijk attaché Salarisschaal A165 (of A166 - afhankelijk van je diploma) Plaats van tewerkstelling Caritasstraat 39, 9090 Melle Context Algemeen ILVO is een multidisciplinaire onderzoeksinstelling met focus op de ondersteuning van duurzame landbouw, tuinbouw, visserij en voedingsonderzoek. Het bestaat uit 4 eenheden (Plant, Dier, Technologie en Voeding en Landbouw en Maatschappij) en stelt ca. 600 personen tewerk, waarvan 265 onderzoekers. Ongeveer 35% van de personeelsleden werkt voor de Vlaamse overheid; het overige personeel is tewerkgesteld bij het Eigen Vermogen van ILVO op basis van project- en contractonderzoek. Specifiek Het ILVO Genomics Platform is een eenheid-overschrijdend platform waarin de expertise rond genomics onderzoek gebundeld wordt. Onderzoekers kunnen daar terecht voor advies en ondersteuning op vlak van experimentele en computationele methoden in het kader van project onderzoek. Wegens de sterke groei in het genomics onderzoek op ILVO wensen we een Bio-informatica Cel op te richten bestaande uit twee senior ILVO-onderzoekers, die voor een deel van hun tijd aan dit team zullen bijdragen, en te versterken met een derde aan te werven persoon via deze vacature. De onderzoekstopics zijn erg gevarieerd, wat de functie uitdagend, maar ook zeer boeiend maakt. Enkele voorbeelden van genomics onderzoek op ILVO in bredere project kaders: * ontwikkelen van genetische merkers (bv. SNPs) voor kwantitatieve genetica, populatie genetica en plantenveredeling, via bv. genotyping-by-sequencing of multiplex amplicon sequencing * genoomassembly en -annotatie (bv. raaigras, roos, pathogenen) * verwantschapsanalyse via genotyping-by-sequencing of multilocus sequence typing (bv. plant pathogene schimmels en voedselpathogenen) * transcriptoom analyse via RNA-seq (bv. differentiële expressie, detectie van plantenvirussen) * high-throughput analyse van CRISPR-cas genome editing events * Metabarcoding/amplicon sequencing voor taxonomische identificatie van complexe gemeenschappen (bv. bacteriën, schimmels, nematoden, vissen, macrobenthos) in allerlei omgevingen (bv. bodem, voedingsproducten, rivieren, zeebodem, rumen, darm) * metagenomics (bv. opsporen antibioticaresistentiegenen in darmmicrobioom van nutsdieren) Jouw taken Als bio-informaticus van de ILVO Bio-informatica Cel word je enerzijds ingezet in projectonderzoek, en anderzijds in algemene taken om het Genomics Platform verder te consolideren. Projectonderzoek komt tot stand door specifieke vragen van ILVO onderzoekers aan de Bio-informatica Cel. Afhankelijk van de expertises van de teamleden wordt het project aan één of meerdere teamleden toegewezen. Voor projecten die jou worden toegewezen word je geacht om zelfstandig een data-analyse pipeline te ontwikkelen op basis van je ervaring en uitgebreid literatuuronderzoek. Vervolgens identificeer en test je verschillende softwarepakketten, en bouw je een vraag-gerichte en geautomatiseerde pipeline voor het verwerken van de data. De ontwikkelde data-analyse pipeline dien je daarna uitgebreid toe te lichten en te optimaliseren via feedback van je teamleden en van de betrokken onderzoekers. Finaal draag je de opgestelde pipeline zoveel mogelijk over aan de betrokken onderzoekers via één-op-één trainingen. Je blijft de opgestelde pipeline onderhouden en support bieden aan de onderzoekers die deze gebruiken. Je ondersteunt de onderzoeker eveneens in de bio-informatica gerelateerde interpretatie en rapportering van projectresultaten (project rapporten, publicaties, etc.). Daarnaast word je samen met je directe collega's ingezet in de verdere uitbouw van het Genomics Platform. Dit omvat zowel administratieve taken (bv. beheer van centrale scripts repository, software, genomics server, etc.) als communicatieve taken (organiseren trainingen en studiedagen voor en door de gebruikers, communicatie tussen gebruikers stimuleren, etc.). Wat verwachten we? * Je hebt een master bio-informatica met enige jaren ervaring of je hebt een doctoraatsdiploma bio-informatica, bio-ingenieurswetenschappen, wetenschappen, diergeneeskunde, of gelijkwaardig door ervaring. * Je kan bio-informatica pipelines bouwen in een Linux-gebaseerde omgeving. * Je kan vlot programmeren in één of meerdere programmeertalen courant gebruikt in bio-informatica (bv. Python, Perl, R). * Je hebt ervaring met minstens één van de volgende toepassingen: whole genome sequencing, transcriptomics, genotyping-by-sequencing, MLST, genoomassembly en -annotatie, variant calling, metagenomics, metatranscriptomics, metabarcoding of amplicon sequencing, phylogenomics. * Je kan vlot Engels spreken en schrijven. Pluspunten: * Je hebt affiniteit met de landbouw- en voedingssector in een brede zin. * Je hebt ervaring met het schrijven van onderzoeksrapporten en/of publicaties. * Je hebt ervaring met Linux systeemadministratie. * Je hebt ervaring met trainingen organiseren. Onze ideale kandidaat .... * is een multi-tasker die snel kan wisselen tussen verschillende projecten omtrent diverse thema's * is communicatief sterk en in staat om opgebouwde kennis over te dragen aan collega's met verschillende achtergrond/ervaring en kan dus moeilijke materie op een eenvoudige en gestructureerde manier uitleggen * is enthousiast, dynamisch en gemotiveerd * kan autonoom werken én in teamverband * is leergierig en efficiënt * is proactief en werkt probleemoplossend * is stipt en goed georganiseerd Wat bieden we? We bieden je een voltijds contract van onbepaalde duur met een competitief salaris o.b.v. je diploma. Je zal aangeworven worden in de salarisschaal A165 (of A166). Indien het je interesseert, kan je zelf via https://www.vlaanderen.be/nl/vlaamse-overheid/werken-bij-de-vlaamse-overhei… een bruto en netto berekening maken van je maandsalaris, je vakantiegeld en je eindejaarstoelage. Relevante ervaring kan in aanmerking genomen worden bij het bepalen van de geldelijke anciënniteit. Bijkomend: hospitalisatieverzekering, vergoeding woon-werkverkeer (fiets - openbaar vervoer), maaltijdcheques en 35 vakantiedagen. Hoe solliciteren? Om te solliciteren stuur je een motivatiebrief samen met je uitgebreid CV naar tom.ruttink(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:tom.ruttink@ilvo.vlaanderen.be> en marc.heyndrickx(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:marc.heyndrickx@ilvo.vlaanderen.be> met in het onderwerp vermelding van vacature Bio-informatica (vacaturenummer EV/2018/037/Plant39), en dit voor uiterlijk donderdag 31 januari 2019. Geschikt bevonden kandidaten (op basis van CV screening) worden uitgenodigd voor een interview op vrijdag 8 februari 2019 (datum onder voorbehoud). Voor meer info kan je terecht bij Inhoudelijk: Tom Ruttink, senior scientist genomics, eenheid Plant via tel. 09 272 28 78 of via e-mail naar tom.ruttink(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:tom.ruttink@ilvo.vlaanderen.be>. Arbeidsvoorwaarden: Sven Van wettere, HR BP - Centrale Diensten, via 09 272 25 10 of via e-mail naar sven.vanwettere(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:sven.vanwettere@ilvo.vlaanderen.be>.

1 0

vacature Bio-informaticus ILVO
by Tom Ruttink 14 Dec '18

14 Dec '18

Beste collega, Bij ILVO hebben we een vacature <https://www.ilvo.vlaanderen.be/language/nl-BE/NL/Werken-bij-ILVO/Bio-inform…> opengesteld voor een Bio-informaticus. Mag Ik U vragen om deze zo breed mogelijk te verspreiden in Uw netwerk? Alvast bedankt, met vriendelijke groeten, Tom Ruttink Senior Scientist Genomics ILVO Instituut voor Landbouw-, Visserij- en Voedingsonderzoek Flanders research Institute for Agriculture, Fisheries and Food Eenheid Plant | Plant Sciences Unit Caritasstraat 39 9090 Melle (Belgium) T +32 9 272 28 78 tom.ruttink(a)ilvo.vlaanderen.be<mailto:tom.ruttink@ilvo.vlaanderen.be> www.ilvo.vlaanderen.be<http://www.ilvo.vlaanderen.be/> www.ilvogenomics.be<http://www.ilvogenomics.be/> [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/Twitter.jpg]<https://twitter.com/ILVOvlaanderen> [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/FB.jpg?ver=201…] <http://www.facebook.com/instituutvoorlandbouwenvisserijonderzoek> [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/LinkedIn.jpg] <https://www.linkedin.com/company/ilvo> /////////////////////////////////////////////// [http://intranet.ilvo/Portals/0/images/Communicatie/Huisstijl/Leeuw.jpg]

1 0