Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter. Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. Any ideas why? thanks, Thomas
obvious question maar: zeker dat het geen tabs zijn? Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ================================================================== Michiel Van Bel PhD student Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM mibel@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be http://bioinformatics.psb.ugent.be ==================================================================
[[:space:]] matches any white space including tabs mss dat dit werkt ? Michiel Van Bel wrote:
obvious question maar: zeker dat het geen tabs zijn?
Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================
grep 'mRNA:[[:space:]]' geeft output grep 'mRNA:[[:space:]]+' niet :-s Frederik Delaere wrote:
[[:space:]] matches any white space including tabs
mss dat dit werkt ?
Michiel Van Bel wrote:
obvious question maar: zeker dat het geen tabs zijn?
Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
moet je niet -e doen voor reg.exp? Frederik Delaere wrote:
[[:space:]] matches any white space including tabs
mss dat dit werkt ?
Michiel Van Bel wrote:
obvious question maar: zeker dat het geen tabs zijn?
Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
nope, doet ook niets Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
Frederik Delaere wrote:
[[:space:]] matches any white space including tabs
mss dat dit werkt ?
Michiel Van Bel wrote:
obvious question maar: zeker dat het geen tabs zijn?
Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
egrep? Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken. Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+ sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3 does the trick :-s Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ?
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
Thomas Abeel wrote:
> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal > spaties achter. > > Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. > > grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output > grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. > grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. > > > Any ideas why? > > thanks, > Thomas > _______________________________________________ > Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations > https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari > > > > >
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ?
Omdat het anders gewoon een plusteken is. http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
> Thomas Abeel wrote: > > > > >> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >> spaties achter. >> >> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >> >> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >> >> >> Any ideas why? >> >> thanks, >> Thomas >> _______________________________________________ >> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >> >> >> >> >> > > > >
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
jungens jungens jungnes (en meiskes ook) gewoon grep -P "perl regex" ays L. On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ? Omdat het anders gewoon een plusteken is.
http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
moet je niet -e doen voor reg.exp?
>> Thomas Abeel wrote: >> >> >> >> >>> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >>> spaties achter. >>> >>> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >>> >>> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >>> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >>> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >>> >>> >>> Any ideas why? >>> >>> thanks, >>> Thomas >>> _______________________________________________ >>> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >>> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >>> >>> >>> >>> >>> >> >> >> >> > > > -- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ============================================================== Lieven Sterck, PhD Tel:+32 (0)9 3313821 Fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, UGent Bioinformatics and Evolutionary Genomics Division Technologiepark 927, B-9052 Gent, Belgium Email: lieven.sterck@psb.vib-ugent.be Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be ============================================================== "Facts are meaningless. You could use facts to prove anything that's even remotely true" - H. Simpson
Lieven Sterck wrote:
jungens jungens jungnes (en meiskes ook)
gewoon grep -P "perl regex"
didn't know that one, handig !
ays L.
On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ?
Omdat het anders gewoon een plusteken is.
http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
> moet je niet -e doen voor reg.exp? > > >>> Thomas Abeel wrote: >>> >>> >>> >>> >>> >>>> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >>>> spaties achter. >>>> >>>> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >>>> >>>> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >>>> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >>>> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >>>> >>>> >>>> Any ideas why? >>>> >>>> thanks, >>>> Thomas >>>> _______________________________________________ >>>> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >>>> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>> >>> >>> >> >> > -- > Sofie Van Landeghem > PhD Student > VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University > Bioinformatics and Systems Biology > Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM > Tel: +32 (0)9 331 36 95 > Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations > https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari > > > _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ================================================================== Frederik Delaere Tel:+32 (0)9 331 38 14 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM frlae@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ==================================================================
only people living in the future already knew that one On 07/05/2010 11:52 AM, Frederik Delaere wrote:
Lieven Sterck wrote:
jungens jungens jungnes (en meiskes ook)
gewoon grep -P "perl regex"
didn't know that one, handig !
ays L.
On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ?
Omdat het anders gewoon een plusteken is.
http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
> nope, doet ook niets > > Sofie Van Landeghem wrote: > > > > >> moet je niet -e doen voor reg.exp? >> >> >> >>>> Thomas Abeel wrote: >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>>> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >>>>> spaties achter. >>>>> >>>>> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >>>>> >>>>> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >>>>> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >>>>> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >>>>> >>>>> >>>>> Any ideas why? >>>>> >>>>> thanks, >>>>> Thomas >>>>> _______________________________________________ >>>>> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >>>>> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>> >>>> >>>> >>> >>> >> -- >> Sofie Van Landeghem >> PhD Student >> VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University >> Bioinformatics and Systems Biology >> Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM >> Tel: +32 (0)9 331 36 95 >> Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be >> >> >> ------------------------------------------------------------------------ >> >> _______________________________________________ >> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >> >> >> >> > _______________________________________________ > Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations > https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari > > > > -- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- ================================================================== Marijn Vandevoorde Tel:+32 (0)9 331 36 95 fax:+32 (0)9 3313809 VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM marijn.vandevoorde@psb.vib-ugent.be http://www.psb.vib-ugent.be ================================================================== "Fat bottomed girls, you make the rockin' world go round." --F. Mercury
dat schiet niet op, ik wil eigenlijk sedden en volgens mij heeft sed geen -P switch Lieven Sterck wrote:
jungens jungens jungnes (en meiskes ook)
gewoon grep -P "perl regex"
ays L.
On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ? Omdat het anders gewoon een plusteken is.
http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
nope, doet ook niets
Sofie Van Landeghem wrote:
> moet je niet -e doen voor reg.exp? > >>> Thomas Abeel wrote: >>> >>> >>> >>> >>>> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >>>> spaties achter. >>>> >>>> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >>>> >>>> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >>>> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >>>> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >>>> >>>> >>>> Any ideas why? >>>> >>>> thanks, >>>> Thomas >>>> _______________________________________________ >>>> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >>>> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>> >>> >>> >> >> > -- > Sofie Van Landeghem > PhD Student > VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University > Bioinformatics and Systems Biology > Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM > Tel: +32 (0)9 331 36 95 > Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations > https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari > > _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
fooooooooooooooooooooooooooooooooooooood Thomas Abeel wrote:
dat schiet niet op, ik wil eigenlijk sedden en volgens mij heeft sed geen -P switch
Lieven Sterck wrote:
jungens jungens jungnes (en meiskes ook)
gewoon grep -P "perl regex"
ays L.
On 05/07/2010 11:49, Thomas Abeel wrote:
Frederik Delaere wrote:
Thomas Abeel wrote:
dat werkt, maar natuurlijk wil ik sed gebruiken.
Nu blijkbaar moet je + escaped gebruiken, dus \+
waarom wel ?
Omdat het anders gewoon een plusteken is.
http://www.gnu.org/software/sed/manual/html_node/Regular-Expressions.html
sed -i 's/mRNA: \+//g' scaffold_2.gff3
does the trick :-s
Sofie Van Landeghem wrote:
egrep?
Thomas Abeel wrote:
> nope, doet ook niets > > Sofie Van Landeghem wrote: > > > >> moet je niet -e doen voor reg.exp? >> >> >>>> Thomas Abeel wrote: >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>>> Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal >>>>> spaties achter. >>>>> >>>>> Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil. >>>>> >>>>> grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output >>>>> grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. >>>>> grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output. >>>>> >>>>> >>>>> Any ideas why? >>>>> >>>>> thanks, >>>>> Thomas >>>>> _______________________________________________ >>>>> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >>>>> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>> >>>> >>> >> -- >> Sofie Van Landeghem >> PhD Student >> VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University >> Bioinformatics and Systems Biology >> Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM >> Tel: +32 (0)9 331 36 95 >> Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be >> >> >> ------------------------------------------------------------------------ >> >> _______________________________________________ >> Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations >> https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari >> >> >> > _______________________________________________ > Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations > https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari > > > -- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
_______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
-- Sofie Van Landeghem PhD Student VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Bioinformatics and Systems Biology Technologiepark 927, 9052 Gent, BELGIUM Tel: +32 (0)9 331 36 95 Website: http://bioinformatics.psb.ugent.be
Michiel Van Bel wrote:
obvious question maar: zeker dat het geen tabs zijn?
jups, anders zou (1) ook geen output mogen geven en grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output (5 spaties)
Thomas Abeel wrote:
Ik heb een file waar vaak 'mRNA: ' in voorkomt (mRNA: met een aantal spaties achter.
Nu wil grep/sed niet doen wat ik wil.
grep 'mRNA: ' scaffold_1.gff3 geeft output grep 'mRNA: +' scaffold_1.gff3 geeft geen output. grep 'mRNA:[ ]+' scaffold_1.gff3 geeft ook geen output.
Any ideas why?
thanks, Thomas _______________________________________________ Binari Implicitly Neglects All Recursive Iterations https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/binari
participants (7)
-
Frederik Delaere -
Lieven Sterck -
Marijn Vandevoorde -
Michiel Van Bel -
Sofie Van Landeghem -
Thomas Abeel -
Thomas Abeel